Fraile betlemita y maestro de escuela en La Habana, el sevillano fray José de San Ignacio (Juan Fernández de León) desarrolló su propio sistema religioso que intentó compartir con algunos estudiantes. Sus heterodoxos escritos, que proponían la fusión de religiones, se nutrían de diversas lecturas y de su interpretación particular de las Sagradas Escrituras.

Aunque no era descendiente de cristianos nuevos, los acercamientos de fray José con el judaísmo agravaron su proceso. Se le acusó de practicar ceremonias judaicas y de haberse circuncidado a sí mismo en un solitario ritual. Fue sentenciado a reclusión en su propio convento, pero no resistió la penitencia y reincidió en sus creencias a pesar de los castigos de sus celadores. Un segundo proceso lo condujo a ser relajado como reincidente. Tras salir en el auto de fe de 1715 fue entregado a las autoridades de la ciudad, que lo ejecutaron en la hoguera. Tuvo así la triste suerte de ser el último reo que sufriría semejante pena por condena de la Inquisición de México.

Durante mucho tiempo padeció en las cárceles inquisitoriales un orgulloso hacendado guatemalteco que defendía un judaísmo peculiar, con tintes de mesianismo y mezclado con una serie de ideas que rescataba de los muchos libros que poseía. Gil Rodríguez había aprendido a leer con un protestante inglés, defendía la libertad de creencia y manifestaba con soberbia su excéntrica erudición. Una vez preso, se mostró como un reo particularmente conflictivo. Lanzaba gritos y golpes a los alcaides y en una ocasión rompió la puerta de su celda gracias a su fuerza y a su enorme tamaño (le llamaban “Gigante”).

Su dramático proceso muestra el orgullo de un hombre que se negó a arrepentirse de sus muy personales convicciones religiosas. A pesar de ser condenado a la hoguera, la Inquisición sustituyó a última hora el castigo con reclusión perpetua en el hospital de locos de San Hipólito. Después de 20 años de incomunicación, había perdido la razón.