Los documentos que produjeron los expedicionarios cambiaban según las necesidades de la época. Cada uno de ellos tiene una materialidad y una historia debido a que se elaboraron para cumplir funciones específicas durante o después de la expedición. Actualmente, estos documentos no siempre los encontramos reunidos en el mismo lugar. Están dispersos en distintos archivos de América o Europa. Otros, por mala fortuna, se perdieron para siempre, dejando algún indicio de su existencia. 

Las expediciones científicas suelen asociarse a la historia europea de los siglos xvi al xviii, pero continuaron hasta el xix con otros objetivos. Si pensamos en América como su destino, la expedición científica más importante del siglo xvi (1570-1576) se dirigió a la Nueva España y fue encabezada por el protomédico de Indias, Francisco Hernández. Durante los años que Hernández pasó en territorio novohispano, su expedición rindió frutos que hasta la fecha se reconocen, consultan y estudian. Las primeras historias naturales de este virreinato se atribuyen a su autoría, y en los documentos que subsisten es posible apreciar un registro importante de las plantas que Hernández consideró útiles por sus cualidades medicinales, así como de aquellos animales y minerales que eran desconocidos o extraordinarios para los ojos europeos.

Los documentos de esta expedición nos muestran un catálogo de especímenes descritos en castellano, aunque nombrados con palabras provenientes del náhuatl, y representados esquemáticamente mediante xilografías en una sola tinta. Las obras de Francisco Hernández y su paso por la Nueva España pueden ser consultadas en formato digital en distintas bibliotecas del mundo. En ellas se encuentran ejemplares impresos entre los siglos xvi y xx por estudiosos interesados en rescatar, estudiar y reinterpretar esos materiales que dieron origen al conocimiento de la naturaleza novohispana e inspiraron la segunda expedición científica más importante de tiempos de la colonización hispana.

En 1787, la Real Expedición Botánica a la Nueva España tenía la consigna de encontrar alguna copia de los textos escritos por Francisco Hernández dos siglos atrás y completar, en la medida de lo posible, sus investigaciones. Los integrantes eran médicos, cirujanos, botánicos, farmacéuticos y dibujantes que recorrieron buena parte del territorio recopilando muestras de plantas, minerales y animales a lo largo de aproximadamente 15 años. Los ejemplares recolectados estaban destinados a formar parte de las colecciones del Real Jardín Botánico, la Real Farmacia y el Real Gabinete de Historia Natural de Madrid, y debían estar acompañados de un registro minucioso conformado por inventarios, catálogos y dibujos que daban una idea de lo que aquí se encontraba y contribuían a los debates por establecer un conocimiento más certero y actualizado de lo que se pensaba que era la naturaleza novohispana.