Gustavo se encargó de conseguir el financiamiento de la Revolución que encabezaba su hermano Francisco y aunque juntos lograron cristalizar dicho sueño, éste fue efímero. Francisco no supo escuchar las advertencias de Gustavo, quien veía claramente una próxima traición: él mismo descubrió y desenmascaró al general Victoriano Huerta ante los ojos de su incrédulo hermano mayor, quien decidió darle otra oportunidad al traidor. Ante tal situación Gustavo había preferido tomar el cargo de embajador en Japón; incluso como observamos en una imagen se le rindieron fiestas de despedida.

Un doloroso golpe a Gustavo fue el incendio y saqueo de su periódico Nueva Era que, en el segundo día de la Decena Trágica, el 11 de febrero de 1913, fue asaltado por los golpistas en sus instalaciones de Balderas y Nuevo México, siendo ese mismo día el último en el que circuló con el número 5333. 

Lo que siguió fue una historia de horror, pues Gustavo A. Madero fue asesinado en la Ciudadela, el 19 de febrero de 1913, después de haber sido detenido con engaños por Victoriano Huerta y entregado por la noche a los generales Félix Díaz y Manuel Mondragón, quienes a su vez lo dejaron en manos de sus asesinos: soldados ebrios, algunos de ellos menores de edad, alumnos de la Escuela Militar de Aspirantes. Herido por las bayonetas perdió su único ojo (el otro lo había perdido en la niñez) y así, completamente ciego, siguieron torturándolo innecesariamente hasta que perdió la vida. Su hermano Francisco sería detenido más tarde en Palacio Nacional, donde se enteró de la muerte de Gustavo por su vicepresidente José María Pino Suárez; la terrible noticia fue confirmada por su propia madre, a cuyos pies cayó ahogado en llanto.