Desde 1805 se destacó por escribir sobre el pensamiento liberal. Fue invitado a la lucha armada por Ignacio Allende, pero declinó participar pues consideró que sus aportes intelectuales eran más significativos. En 1810 inició la escritura del Cuadro Histórico de la Revolución de la América Mexicana, una de sus obras fundamentales, que en cinco volúmenes cuenta la Guerra de Independencia (desde el grito de Dolores hasta 1833) a partir de fuentes directas: los testimonios de los participantes y de los testigos y los documentos oficiales.

Esta colección presentada por Memórica. México, haz memoria reúne algunos de los textos de Bustamante, un hombre con diferentes facetas: periodista crítico de la Corona española; militante del movimiento armado comandado por José María Morelos; editor de El Correo del Sur; diputado por Oaxaca en el Primer Congreso de Anáhuac y encargado de redactar el discurso que Morelos leyó ante éste el 13 de septiembre de 1813 en Chilpancingo y el acta de Independencia de la América Septentrional que se proclamó en noviembre de 1813; preso por el delito de “infidencia” tras la caída de Morelos; integrante de las tropas de Antonio López de Santa Anna en 1821; y opositor de las ambiciones monárquicas de Agustín de Iturbide, postura que lo llevó a la cárcel por segunda ocasión.

En 1823, tras la destitución de Iturbide, volvió a ser libre y electo como diputado para el Congreso Constituyente, cargo en el cual colaboró en la redacción de la Constitución de 1824. Durante 20 años ocupó en diversos momentos la curul como diputado por Oaxaca y continuó escribiendo con el tono crítico y liberal que lo caracterizaba.