La persecución del delito recaía en los jueces, en las autoridades administrativas y en las víctimas. El procedimiento en 1824 era inquisitivo-mixto, es decir, los jueces tenían un rol central en la investigación y en la condena, los juicios no se publicitaban y el litigio se documentaba por escrito, sin audiencias orales. El proceso penal se seguía de una denuncia que podía ser presentada por la víctima y sus familiares, testigos o quien tuviera conocimiento del delito, así como por el juez de oficio.

El auto de prisión lo ordenaba el juez si tenía indicios para determinar la aprehensión del sospechoso. La fase de averiguación consistía en la recopilación de pruebas recabadas por el magistrado, que estaban centradas en las declaraciones del acusado, el testigo y los peritos, en el levantamiento de información, descripciones, croquis, cuerpos del delito, etcétera. Aunque era cuestionada “la tortura judicial” se seguía practicando para obtener confesiones. Se utilizaban suplicios como “el potro” o "caballete", que era el estiramiento de extremidades con cuerdas, como el tormento que sufrió Jacinto Canek; el del agua, que consistía en forzar la ingestión de grandes cantidades de este líquido; los azotes y grilletes en prisiones; y, por último, la confesión bajo presión psicológica que, por lo general, eran amenazas de muerte o tortura a familiares cercanos.

También se aplicaba la prisión preventiva, donde el acusado permanecía encarcelado durante el proceso para, finalmente, emitir la sentencia por escrito por parte del juez. Las condenas podían ser prisión, destierro, trabajo forzado y pena de muerte para delitos graves. La apelación se daba en algunos casos por un tribunal superior y los indultos sólo los concedían el presidente o los gobernadores.