La primera vez que Cabrera ingresó a Belém fue el 26 de marzo de 1886 por orden del juez Pérez de León, funcionario público que se convirtió en el arma ejecutora más efectiva de la represión porfirista. Su estancia en prisión se alargó por más de seis meses, y la causa, según las autoridades policíacas, fue el contenido del número 32 del día 21 de marzo, recogido antes de su circulación en las calles de la ciudad. Colaboradores y amigos corrieron la misma suerte que el director del semanario. En algunas ocasiones fueron aprehendidos todos los trabajadores y, en otras, únicamente los autores de caricaturas y artículos “difamatorios”, que fueron puestos a disposición del juez correccional de Distrito.

El 27 de septiembre de 1891 Cabrera fue acusado de infamias contra el ex ministro Carlos Pacheco fallecido días antes. En esta ocasión permaneció 139 días en Belém. Tres meses después fue arrestado nuevamente por su presunta participación en los disturbios de las manifestaciones estudiantiles del 16 y 17 de mayo; su estancia fue de 11 días. El poema “El Juez Saltarín” fue el pretexto para encarcelarlo de nuevo el 20 de octubre de 1893. Esta vez no sólo Cabrera fue remitido a prisión. La imprenta y los departamentos anexos a ella fueron clausurados y hasta el 21 de enero del siguiente año retomó sus actividades. Después de 156 días en prisión, Cabrera fue puesto en libertad el 24 de marzo de 1894. Durante esta estancia gozó de ciertos privilegios, como el 2 de febrero que, tras acudir al juzgado de Distrito, fue acompañado por un empleado de la prisión a casa de su hija Julia para comer con su familia y de paso cobró 10 pesos por un billete premiado de la lotería, regresando a Belém a las 15 horas.

El 23 de junio de 1894 lo arrestaron en el tren que lo conducía a la Villa de Guadalupe. Esta quinta aprehensión se debió a la acusación interpuesta por el gobernador de Puebla, Mucio P. Martínez. Después de cuatro días de encarcelamiento y un pago de 300 pesos fue liberado. Seis años de aparente tranquilidad se terminaron el 17 de marzo de 1900. El artículo “Vivan los Negodzios”, con clara tendencia hispanofóbica, despertó la ira de notables españoles, quienes provocaron que el 17 de marzo quedara incomunicado en el Hospital Juárez. Once días de prisión no bastaron para limpiar el honor ultrajado de los “gachupines” aludidos y en julio el periódico cerró sus puertas. El 20 de enero de 1901 regresó a su trinchera con marcados signos de radicalismo. Este mismo año, el gobernador de Guerrero lo acusó de difamación y ultrajes y, como era costumbre, fue hacinado como preso común en Belém.

En 1902 sufrió la última aprehensión a causa de la caricatura donde aparecen los gobernadores de Hidalgo y Puebla. En noviembre de ese año se salvó de ingresar a la prisión militar de Santiago Tlatelolco por órdenes expresas del general Bernardo Reyes. Sin embargo, Enrique y Ricardo Flores Magón, que ya colaboraban en El Hijo del Ahuizote, fueron trasladados a Tlatelolco para cumplir su sentencia por atacar a la Segunda Reserva promovida por Reyes.

Daniel Cabrera estuvo en prisión más de 500 días, de 1892 a 1902, y como era de esperarse, su salud se vio mermada y su postura se radicalizó año con año. Estas detenciones, registradas de forma detallada en las páginas del periódico y denunciadas a través de las caricaturas, dan cuenta de la lucha incansable que enfrentó para defender la libertad de prensa en una época donde la oposición era atacada, perseguida, encarcelada y silenciada sin miramientos por Porfirio Díaz, presidente de la República.