Desde sus inicios, el Programa Bracero fue criticado a ambos lados de la frontera, pero los disensos se volvieron más profundos al concluir el conflicto bélico que enmarcó el primer acuerdo. Los detractores del movimiento de mano de obra sustentaron su desaprobación en el maltrato a los emigrantes, en las dificultades que atravesaban en el proceso de reclutamiento y en su simpatía hacia la idea de que el flujo migratorio fuera regulado sólo por los mercados de trabajo. Es cierto que al concluir la Segunda Guerra Mundial las condiciones laborales y la supervisión de los gobiernos se modificaron. Además, la flexibilidad que las contrataciones alcanzaron durante los 22 años de operación de dicho programa, el fortalecimiento de los movimientos por los derechos laborales de los trabajadores agrícolas en Estados Unidos y el hecho de no haber eliminado nunca los cruces indocumentados, hicieron que el rechazo se expresara con más frecuencia.

La flexibilidad es también la característica que explica la prolongada vigencia de la bracereada luego de haber concluido la Segunda Guerra Mundial. La necesidad de pizcadores en los campos agrícolas a ambos lados de la línea presionó a las autoridades, a veces en franco desencuentro, para prorrogar o renegociar los acuerdos de trabajo temporal y dio forma a otros mecanismos de contratación como el Dry out o secado de los “mojados”, lo que atrajo constantemente el cruce de indocumentados. De estas tensiones dan cuenta los colapsos de la frontera entre Ciudad Juárez, Chihuahua, y El Paso, Texas, en 1948 y entre Mexicali, Baja California, y Calexico, California, durante 1954, cuando Estados Unidos decidió unilateralmente permitir el paso de los mexicanos. La débil vigilancia de las contrataciones por ambos gobiernos fue en perjuicio de los trabajadores.

Sin embargo, la precaria situación del peonaje en México motivó que muchos individuos siguieran en la búsqueda de ser braceros, sin importar el humillante proceso de higienización y auscultación médica al que se sometía a los aspirantes a un contrato, o a cruzar sin documentos. En numerosas ocasiones la contratación de los braceros saboteó las luchas por los derechos laborales en Estados Unidos. La fortaleza que este movimiento adquirió en la década de 1960, en torno a la figura de Cesar Chavez, la mecanización de la agricultura y la caída de los precios internacionales del algodón se entrelazaron para limitar la necesidad de pizcadores y concluir con el programa. Aunque éste se dio por terminado en diciembre de 1964, la contratación en los estados de Arizona y California continuó hasta 1967, lo que confirma el poder de los agroempresarios en el proceso migratorio y la importancia de los trabajadores mexicanos para el campo estadunidense.

En México, para los estados fronterizos, el Programa Bracero significó una transformación en varios órdenes, sobre todo demográficos. Los centros de contratación se establecieron en las ciudades de Hermosillo, Monterrey y Chihuahua a partir de 1949. En 1954 funcionó otro centro en Mexicali y a partir de 1955 ganó impulso el establecido en Empalme, Sonora. La selección de estos espacios confrontó regionalmente a empresarios agrícolas, a las autoridades federales, locales y municipales y a organizaciones clientelares que buscaron y lograron incidir en los procesos de contratación y en los mercados de trabajo.

Al concluir el programa, muchos de los hombres que firmaron alguno de los más de cuatro millones de contratos de trabajo durante la bracereada decidieron quedarse al otro lado del río Bravo o establecer su residencia en los estados de Baja California, Sonora, Chihuahua y Nuevo León, donde fueron empleados. Es un hecho, también, que el flujo migratorio continuó en su ir y venir a lo largo de la frontera.