Pero no obstante que la Constitución de Cádiz planteaba que en cada provincia debía instalarse una diputación, para Nueva España inicialmente sólo se autorizaron seis, disponiendo la unión de varias de ellas en una misma institución, como sucedió con San Luis Potosí y Guanajuato, que debieron formar la diputación de San Luis Potosí asentada en la capital de esta última provincia. Como era de esperarse, los grupos de poder de Guanajuato cuestionaron, además de su unión con San Luis Potosí, que la diputación tuviera el nombre de esta última y que se asentara en ella. Así que al tiempo que realizaron la elección de sus vocales, demandaron su propia institución. Esta discusión se vio truncada porque a su regreso del cautiverio en 1814, el rey Fernando VII abolió la Constitución de Cádiz y los decretos emanados de ella.

La situación no sería muy distinta en 1820, cuando en todos los territorios de la monarquía se reinstaló el constitucionalismo. Guanajuato nuevamente eligió a sus vocales, pero siguió demandando su propia diputación, y éste fue uno de los principales encargos que hicieron a sus representantes en las Cortes, ahora instaladas en Madrid. No fue la única provincia que la solicitó y los esfuerzos de los diputados novohispanos rendirían frutos; algunas más, entre ellas la de Guanajuato, fueron aprobadas en mayo de 1821, pero la noticia llegó cuando ya se había concretado la Independencia, y cuando las provincias ahora dirimían sus asuntos con las instituciones provisionales mexicanas, la Regencia del Reino y la Junta Provisional Gubernativa.

Sabedora de las aspiraciones provinciales, en noviembre de 1821 esta última institución aprobó la instalación de diputaciones en donde no las había; fue en este marco en el que surgió la Diputación Provincial de Guanajuato. La elección de sus vocales se llevó a cabo a finales de enero de 1822, y aunque debieron elegirse siete vocales, las actas de sesiones asientan los nombres de los siguientes individuos: el coronel Domingo Chico, quien tenía a su mando las tropas de la ciudad; el licenciado Carlos Montes de Oca; el cura y juez eclesiástico de Silao, José María Bezanilla, y José María Herrera, quienes se reunieron de manera periódica para atender una diversidad de asuntos.

La trayectoria de las diputaciones resultó de gran trascendencia para atender asuntos internos de las provincias, porque entre sus principales facultades se encontraban aprobar la distribución de contribuciones, proponer al gobierno los arbitrios más convenientes para llevar a cabo las obras de utilidad y reparar las que se encontraran en mal estado y, en ese sentido, velar por la buena inversión de los fondos públicos. Además, debían cuidar que se establecieran ayuntamientos en donde correspondiera, así como promover la educación y fomentar la agricultura, la industria y el comercio.

De esta manera, la Diputación Provincial de Guanajuato tendría ante sí la importante tarea de contribuir a la reconstrucción de su jurisdicción, porque la guerra había dejado tras de sí una gran devastación en la que fuera considerada una de las demarcaciones más prósperas de Nueva España antes de 1810. En este plano, el reto era enorme, pero el escenario se complicaría aún más a raíz de las eventualidades políticas que se presentaron durante el llamado Primer Imperio Mexicano (1822-1823), cuando las provincias se vieron envueltas en una lucha por la defensa de su autonomía, lo que derivaría en el cambio de sistema de gobierno: el establecimiento del federalismo.

En este marco, las diputaciones desempeñaron un importantísimo papel en la vida política de las entidades, sobre todo luego de la promulgación del Plan de Casamata. de febrero de 1823, que demandaba la reinstalación del Congreso suprimido por Iturbide a finales de octubre de 1822, porque en su artículo 10 establecía que, mientras se esperaba la respuesta del gobierno nacional, la Diputación Provincial de Veracruz tomaría decisiones en la administración de su jurisdicción. Las provincias que se fueron adhiriendo al Plan asumieron que su diputación se encargaría de estos asuntos y, a partir de entonces, en el seno de esta institución se dirimirían cuestiones de gran relevancia local y regional.
De esta manera, la diversidad de asuntos que estas instituciones tuvieron entre sus manos, el aumento de sus atribuciones a raíz de los eventos políticos que se presentaron a nivel nacional, su disolución una vez que se instalaron los Congresos locales, así como el hecho de que algunos de sus vocales posteriormente se integraran a éstos, son elementos que han considerado a las diputaciones como los antecedentes de las legislaturas estatales.