El 9 de febrero de 1995, el entonces presidente de la República, Ernesto Zedillo, dio a conocer la identidad del subcomandante Marcos, al cual se identificó como Rafael Sebastián Guillén Vicente, académico universitario de origen tamaulipeco. De igual forma, giró órdenes de aprehensión contra Marcos, Javier Elorriaga, Jorge Santiago y otros presuntos líderes zapatistas. La persecución llegó hasta el obispo de San Cristóbal de las Casas, Samuel Ruiz García, a quien se amenazó con aprehenderlo por cubrir las actividades guerrilleras del ezln. Así, en lugar de mostrarse conciliador, el gobierno ordenó el avance del Ejército, el cual ocupó nuevas posiciones militares a pesar de que existía una tregua que lo prohibía. Pero su estrategia fracasó, pues Marcos logró escapar y a pesar de la revelación de su identidad no perdió la popularidad de que gozaba entre la sociedad de entonces. 

De esta forma quedó al descubierto el doble juego del presidente: por un lado, buscaba negociaciones políticas con los insurrectos a través de la Secretaría de Gobernación y por otro, giraba órdenes de aprehensión en contra de quienes integraban su dirigencia por medio de la Procuraduría General de la República. Ante este comportamiento reprobable, la sociedad reaccionó con indignación: se llevaron a cabo manifestaciones multitudinarias que ocuparon las arterias principales de la Ciudad de México, lo que de cierta forma obligó al gobierno de Zedillo y a la Comisión Legislativa de Diálogo y Conciliación en el estado de Chiapas a firmar la iniciativa de ley para el Diálogo, la Conciliación y la Paz Digna en el estado, la cual sería enviada tiempo después al Congreso de la Unión, que lo discutiría y aprobaría en los meses siguientes.