Sin embargo, ahora se ponía en su contra debido a que el presidente intentó limitar su poder al tratar de licenciar al cuerpo de rurales de Chihuahua que tenía bajo su mando. El Plan de la Empacadora es considerado detallado y complejo en lo político, pero caracterizado por los violentos ataques a Madero y un antiyanquismo exacerbado. En él se proponía un programa de reformas laborales y agrarias, las cuales, a decir de los especialistas, estarían inspiradas en el Programa del Partido Liberal elaborado en 1906 por los hermanos Flores Magón.

Orozco y los sublevados consideraban que la Revolución estaba siendo desviada, además de que no había recibido la retribución suficiente por sus acciones militares, por lo que el conflicto tenía un trasfondo de rencor personal hacia Madero. El alzamiento se extendió a los estados de Durango, Coahuila y Sonora, y se dice que puso a temblar al gobierno maderista, sobre todo después de que el general José González Salas, ex secretario de Guerra, se suicidara debido a los errores cometidos como comandante de las tropas federales en su campaña contra los rebeldes. Este movimiento duró alrededor de cinco meses, hasta que en agosto fue derrotado de manera definitiva por el general Victoriano Huerta, quien, a su regreso a la Ciudad de México, sería recibido como héroe por su contribución a la pacificación del país.