Francisco Primo de Verdad y Ramos, quien fuera el dirigente de los independentistas, y Talamantes fueron encarcelados el 15 de septiembre de 1808 por considerarlos agitadores. Poco después de su aprehensión, se encontraron diversos textos sediciosos en posesión del mercedario, entre ellos: Primeras disposiciones para mantener a este reino independiente de la dominación francesa, Alegato relativo a la soberanía e independencia de México y Un congreso nacional para el reino de Nueva España.

A raíz de esto, fray Melchor de Talamantes sería condenado a muerte por la Inquisición: se le transfirió de la prisión del Arzobispado a San Juan de Ulúa para ejecutar su condena; sin embargo, es en este lugar donde perdería la vida debido a la fiebre amarilla en 1809. A Talamantes se le considera un protomártir de la Independencia por haber iniciado una serie de proyectos por la tan anhelada libertad.