Uno más de los jóvenes prodigios con que el Porfirismo se proclama benefactor y promotor de las artes, Ponce es becado en 1904 para seguir cursos superiores en el Liceo Musical de Bolonia, con Enrico Bossi y Luigi Torchi (ambos cercanos a Puccini y a quienes los mexicanos conocían bien por el éxito de la ópera en este país desde mediados del siglo xix). Más tarde llegó a Leipzig y Munich, para perfeccionar su técnica al piano con Martin Krause introduciéndose en una tradición que remite a Beethoven, Carl Černý y Franz Liszt.

Su vastísima producción contiene obras para piano, órgano, guitarra, voz y la orquesta completa. En ellas hay un estilo inconfundible que funde lo tradicional y lo pueblerino, con el gusto romántico que implica en las bellas artes decimonónicas la música culta.

En 1925 vuelve a Europa intrigado por los vanguardismos que hacen evolucionar la música en aquel momento. Trabaja en París hasta 1933 y de regreso en México comienza a publicar la revista Cultura Musical, para la difusión y crítica. Fue autor de numerosos artículos y ensayos, algunos de los cuales se recogieron póstumamente en el libro Nuevos Escritos Musicales. En 1945 fue nombrado director de la Escuela Nacional de Música.

Recientemente está investigado el riquísimo vínculo que formó con Andrés Segovia y que más allá de la amistad, florece en el virtuosismo para tañer y la composición para guitarra. En 1923 el marqués de Salobreña se encuentra de gira en México y Ponce regaló a Segovia una pequeña pieza —De México, página para Andrés Segovia— que después pasó a formar parte de su Sonata Mexicana. Durante sus estancias en París ambos serán comparsa de Alfonso Reyes y el poeta cubano, Tomás Brull. El músico fallece a los 66 años, el 4 de abril de 1948 en la Ciudad de México.