La cárcel de Belén se estableció en lo que anteriormente había sido el Colegio de San Miguel de Belén, un refugio para mujeres desprotegidas a cargo del padre Domingo Pérez de Barcia y que fue fundado en el siglo xvii. Debido a las Leyes de Reforma, se convirtió en cárcel en 1863 y a partir de entonces se iniciaría su proceso como institución penal hasta que fue cerrada en 1934. Aunque en septiembre de 1900 se fundó el conocido como Palacio Negro de Lecumberri, la antigua cárcel de Belén se transformó en el lugar preferido de Díaz para castigar a la oposición: las condiciones insalubres, el hacinamiento, la falta de mobiliario y espacios adecuados, así como la propia antigüedad del edificio lo convertían en un lugar adecuado para poner a prueba la resistencia humana y quebrantar hasta al más resistente de los espíritus. 

Ricardo Flores Magón pisó Belén por primera vez en 1892 y dejó un testimonio devastador de lo que encontró a su llegada al lugar: “Después de caminar por oscuros pasadizos y de subir y bajar mugrientas escaleras nos encontramos en un largo salón cuyo techo tocábamos con las manos […] Apoyé mis manos en la pared y la retiré asombrado: esputos sanguinolentos decoraban las paredes. Se nos había encerrado en el departamento donde se hacinan a los mendigos que infestan la ciudad. Había ahí leprosos, tísicos, sarnosos, cojos, mancos, tuertos, ciegos, sordos, mudos, paralíticos, llagados, sifilíticos, jorobados, […]  un espantoso depósito de carne enferma que chorreaba pus y mugre […]” El 22 de mayo de 1901 fue enviado por segunda vez al mismo sitio junto con su hermano Jesús, como parte de la primera oleada represiva contra los liberales que participaron en el Congreso de San Luis Potosí. Y el 16 de abril de 1903 llegó por tercera ocasión, ahora junto con Juan Sarabia, Enrique Flores Magón, Alfonso Cravioto y Santiago R. de la Vega.