En libro cuestionó y criticó muy duramente las acusaciones que hicieron varios de los historiadores que lo precedieron y otros contemporáneos —especialmente don Jesús Sánchez—, quienes señalaron que los destructores de los archivos documentales del antiguo reino indígena de Texcoco y los monumentos aztecas fueron los primeros misioneros que llegaron a la Nueva España y principalmente el ya mencionado Zumárraga. Por otra parte, en La Carta acerca del origen de la imagen de Nuestra Señora de Guadalupe de México, escrita por Don Joaquín García Icazbalceta al Ilmo. Arzobispo d. Pelagio Antonio de Labastida y Dávalos publicada en México en 1896, examinó con una rigurosa crítica histórica el debatido problema de las apariciones de la Virgen del Tepeyac. También se presentan en esta colección los tomos I y X con otras de las obras de este autor, que falleció en la capital del país el 26 de noviembre de 1894 y que fue sepultado en la Parroquia de San Cosme.