Villanueva es uno de los integrantes del llamado Grupo de los Seis en México, la reacción esperada al uso italianizado y sensible a la ópera de la generación anterior. Autodenominados en 1887 el Instituto Musical, sus condiscípulos allí fueron: Gustavo E. Campa e Ignacio Quesadas, pianistas; Carlos G. Meneses, docente y director de orfeones; Juan Hernández Acevedo, flautista; y Ricardo Castro, sinfonista pionero en nuestro país. El afrancesamiento al que se inclinan obedece, por un lado, a una evolución cronológica y estilística en el mundo de la música; y otro, a la pretensión cosmopolita que caracteriza a la elite Porfiriana. Sin embargo, la historiografía señala que son justamente esos músicos los que propugnan un marcado acento nacionalista en el romántico gusto de la época.

Algunas de sus composiciones para piano son reconocidas como: el “Vals poético” por ejemplo, y las romanzas “Amor” y “Deseo”. Aunque en dichas obras es innegable el estudio de lenguajes venidos de Rusia (con Modest Mussorgsky), Francia (a través de Chopin y Berlioz), Austria y Alemania (siguiendo a Strauss y Schumann), la música de Villanueva está idiosincráticamente enriquecida con aires y melodías tradicionales de la provincia en tiempos novohispanos. Es a esa híbrida peculiaridad a la que se le conoce como romanticismo mexicano.

Muere a los 31 años a causa de una pulmonía mal atendida, en ese momento él componía su “Vals poético”, aquel indesligable en el imaginario nacional junto a los también conocidos “Vals capricho” de Ricardo Castro y “Sobre las olas” de Juventino Rosas.