El aga está constituido por una planoteca y tres fondos que son: el Fondo Reservado, el Archivo Histórico y el Archivo Registral. La primera resguarda más de 400 mil planos que se han generado en los procesos de restitución de tierras o por la creación de ejidos en las comunidades. El Fondo Reservado está encargado de custodiar la documentación originada antes de 1915, es decir, contiene escritos sobre todo de la época colonial. Por otra parte, el Archivo Histórico comprende lo causado entre 1915 y 1992, y que por su relevancia histórica se preserva como memoria histórica de la nación. Cabe destacar que en él podemos encontrar documentos firmados por Rubén Jaramillo, líder zapatista que continuo con la lucha agraria en el estado de Morelos hasta su asesinato en 1962. Finalmente, el Archivo Registral almacena los posteriores a 1992 y contiene información relativa a los derechos agrarios individuales de los ejidatarios y comuneros.