Para llevar a cabo esta labor, durante este periodo se organizaron varias comisiones: una francesa, la Commission Scientifique du Mexique bajo los auspicios de Napoleón III; una franco-mexicana creada por el mariscal Aquiles Bazaine, la Comisión Científica, Artística y Literaria de México; y una institución patrocinada por el emperador Maximiliano de Habsburgo, la Academia Imperial de Ciencias y Literatura, que pretendía ser el centro de la intelectualidad mexicana. En estos tres organismos participaron indistintamente franceses y mexicanos. De esta manera, con las tropas, también arribaron individuos motivados por usar el suelo mexicano como un gran laboratorio natural en el cual podrían aprender in situ sobre muchas materias. La llegada y creación de organismos franco-mexicanos dejaron una profunda huella en la comunidad científica local y, en algunos casos, en años posteriores se retomaron las investigaciones que quedaron truncas con la retirada del ejército y la caída del Segundo Imperio. De igual modo, se publicaron varios estudios elaborados gracias a estas comisiones; sin embargo, en México fueron editadas como proyectos individuales y no como producto de los trabajos emprendidos por aquéllas, quizá para evitar la censura de ser obras elaboradas durante la época intervencionista. En Francia, por el contrario, se imprimieron los Archives de la Commission Scientifique du Mexique y 16 volúmenes de información bajo el título Mission Scientifique au Mexique et l’Amérique Centrale.