Para contener la situación el gobierno otorgó un pequeño incremento salarial, lo que provocó la molestia de los sectores radicales, que se fueron al paro acelerado.

Uno de los momentos de tensión más recordados ocurrió durante el informe presidencial de 1965 cuando Gustavo Díaz Ordaz aseguró que los galenos serían castigados por delitos y responsabilidades. Esta no fue la única amenaza, durante todo el movimiento los médicos fueron perseguidos, intimidados y reprimidos y, como fue costumbre del mandatario, fueron descalificados en la prensa, para lograr que la población dudara de la legitimidad de su lucha.

Memórica, México haz memoria reúne una muestra de estas noticias, en las que resaltan los adjetivos calificativos que se utilizan al hablar del paro: "intransigente paro médico estatal" que sólo causó “indisciplina y dolor”; el paro médico que causó “intranquilidad y muerte en la nación". Los médicos denunciaron esto con pancartas con frases como “Prensa vendida” o “¡La prensa miente! el paro es justo, únete pueblo”.

A la descalificación también contribuyeron las autoridades; la subdirección médica del issste y  el Procurador General llamaron a los médicos a recapacitar y actuar “por el camino de la cordura”, como si la huelga fuera producto de la insensatez. Otra noticia señaló que los sindicatos de trabajadores de cinco dependencias no relacionadas con la salud “calificaron el paro de ilegal, inhumano e indefinible”.

Destacaron las declaraciones del director del issste, Rómulo Sánchez Mireles, quien aseguró que los directores de la alianza médica estaban acusados “como autores intelectuales de la muerte de seis personas que fallecieron en el primer día de paro”; los médicos lo acusaron de abuso de autoridad, calumnias y difamación.