El gobierno de Gustavo Díaz Ordaz veía en las expresiones estudiantiles un peligro al orden público y a la organización de los Juegos Olímpicos, por lo que se emprendió una operación represiva coordinada desde el Estado. Cerca de 10 mil manifestantes, entre ellos maestros, padres de familia y simpatizantes del movimiento estudiantil, se reunieron el 2 de octubre en la Plaza de las Tres Culturas para discutir la situación que prevalecía en la Escuela Nacional de Agricultura (ena) y la decisión de no marchar hacia el Casco de Santo Tomás. Alrededor de las 5:55 pm, dos helicópteros, uno de policía y otro militar, sobrevolaron la plaza. Al detonarse unas bengalas desde un edificio cercano al de la Secretaría de Relaciones Exteriores (sre) se dio un despliegue que no estaba previsto por los asistentes al mitin: otras bengalas sobrevinieron y cinco mil soldados, así como 200 tanquetas y camiones, rodearon a los asistentes en un encapsulamiento masivo, siendo éstos rafagueados por grupos tácticos del Estado Mayor presidencial, Ejército y policía del Distrito Federal.

Entre los disparos, alrededor de unos 40 cuerpos cayeron y se contabilizaron al menos 400 decesos, cientos de heridos y desaparecidos, así como aprehensiones que fueron ejecutadas con violencia, degradando a los detenidos, desnudándolos, golpeándolos y disparándoles. A algunos se les llevó a centros clandestinos y se les torturó. Otros fueron desaparecidos días después por la policía y el Ejército, que seguían persiguiendo a estudiantes en las inmediaciones y practicando detenciones extrajudiciales. La prensa ocultó los hechos. El recuerdo de la masacre se fue tejiendo desde las cárceles tras la detención de los líderes del movimiento y las marchas de conmemoración por los caídos del 2 de octubre de 1968, que continúan realizándose hasta nuestros días.