La biodiversidad de esta región se debe a que tiene selvas tropicales, manglares y humedales, lo que la convierte en una zona agrícola importante, donde se cultivan productos como caña de azúcar, plátanos, arroz y cítricos, además de que la ganadería es una de sus principales actividades económicas, por lo que históricamente esta cuenca ha sido relevante en términos de desarrollo económico y cultural en la zona sur de México.

En el siglo xix la Cuenca del Papaloapan se benefició del desarrollo del transporte, especialmente de la navegación fluvial en los ríos y canales que permitieron trasladar mercancías y facilitar el comercio interno, así como la construcción de infraestructuras como puentes y carreteras para el crecimiento urbano de la región.