Una vez consumada la conquista militar de México-Tenochtitlan (1521) comenzó la construcción de los primeros hospitales. El objetivo de los hospitales novohispanos era curar a los enfermos, aunque en el fondo existía cierto remordimiento por los “males terrenales” cometidos durante la guerra, así como la propagación de enfermedades europeas que diezmaron a los indígenas. 

En la Ciudad de México, los primeros hospitales fueron el de la Purísima Concepción y Jesús Nazareno (Hospital de Jesús) ―que sigue en funciones― y fue construido en el punto en que Hernán Cortés y Moctezuma Xocoyotzin se reunieron (8 de noviembre de 1519), y en cuya iglesia contigua yacen los restos del conquistador extremeño. El Hospital de San Lázaro fue otra de las instituciones de salud de importancia en la Nueva España. Fue construido entre 1521 y 1524 con el objetivo de recibir a los lazarinos o leprosos. Cuando Nuño de Guzmán se encargó del gobierno novohispano mandó destruirlo por temor a la propagación de tan temida enfermedad, aunque en 1572, el doctor Pedro López restableció el nosocomio. 

La medicina que se practicaba en los hospitales novohispanos distaba muy poco de lo que se hacía en Europa. En sí, muchos de estos funcionaron como espacios de reclusión y hospicio, los españoles y criollos ricos recibían paliativos en sus domicilios, así era replicado el sistema de castas en la salud.

Otros hospitales del período colonial fueron el de San Hipólito, San Antonio Abad, ambos en la Ciudad de México, el de San Juan de Dios, la Casa de los Pobres en Colima, y el Hospital Real de San Pedro en Puebla.