El hospital se ubicó a espaldas del convento de San Francisco, contiguo al Real Colegio de Niños Estudiantes de San Juan de Letrán, y contó con todas las áreas necesarias para atender a las personas que acudieran a él, incluso con una iglesia y una sacristía, además de una capilla. Para la asistencia de los naturales se destinaron una botica y un área de oficinas que se comunicaban con el interior del edificio. Ocho salas de enfermería atendían distintos tipos de padecimientos así como a los convalecientes; tenía cocina, despensa y roperías, baños y un temazcalli; había viviendas para los capellanes, médicos y cirujanos, practicantes, proveedor, portero, cocinero y otros empleados, además de las oficinas de administración.

El hospital, con altas y bajas, sobrevivió hasta el 21 de febrero de 1822, fecha en que fue suprimido definitivamente. Luego el edificio se convirtió en fábrica de hilados, después en imprenta, y posteriormente fue vendido por el gobierno. Al parecer desapareció todo excepto la iglesia, y en su lugar se construyeron casas particulares. Esta colección, formada por documentos pertenecientes al Archivo General de la Nación, nos acerca al funcionamiento del nosocomio, a la forma en que se recaudaba el dinero para mantenerlo, al personal que trabajaba en él, a los administradores y sus deberes, así como a la manera en que se organizaban los servicios médicos en la época virreinal.