La Suprema Corte de Justicia de la Nación (scjn), según el artículo 124, estaba compuesto por 11 ministros y un fiscal, elegidos por el Congreso General, y las legislaturas podían proponer ternas de candidatos para cada puesto. El Congreso votaba en secreto y, para evitar conflictos de interés o influencias partidistas, optaba por la mayoría absoluta. Otros cargos, como los jueces de Distrito, de acuerdo con el artículo 128, eran nombrados de manera directa por la scjn. Los requisitos, según los artículos 126 y 127, establecían que los ministros debían ser mexicanos por nacimiento, mayores de 35 años y con experiencia jurídica, y sólo podrían ser removidos por juicio político o por encontrarse en condiciones de incapacidad para ejercer su cargo. Una de las dificultades que tuvo este sistema de elección fue que las tensiones generadas entre las facultades del Congreso con los Poderes de los estados eran frecuentes, sobre todo por los modos en los que el modelo centralista se confrontaba con el federalista, donde los estados no podían elegir de manera directa a sus representantes.

Algunos episodios de golpe de Estado, como sucedió con los gobiernos de Vicente Guerrero y de Santa Anna, propiciaron despidos y destituciones arbitrarias que respondieron a balances de aliados o adversarios políticos, según fuese el contexto entre liberales y conservadores. La desobediencia de los acatamientos y las sentencias entre jueces federales y locales es un tema histórico que tiene su raíz en la disputa de los espacios y temas de decisión.

El sistema en la teoría estaba bien dibujado, pero fue nulo en su momento. La Constitución de 1824 sentó las bases de un Poder Judicial independiente, aunque la inestabilidad política, el centralismo y la falta de una tradición jurídica sólida impidieron su correcto funcionamiento.