Material de leyenda su formación supone que en 1848 recibe un ejemplar de El tratado sobre la melodía, el libro de composición de Anton Reicha, el flautista checo amigo de Beethoven. Apuntes biográficos encontrados aquí y allá frecuentemente citan a Mozart y a Haydn para caracterizarlo. Lo que no se discute es su genio y estatura docente para entender el siglo xix mexicano en la música: fue maestro de Melesio Morales, María Garfias, Octaviano Valle y Ángela Peralta. Inesperada iniciativa suya lo lleva a crear una ópera tomando un libreto de Felice Romani, colaborador de Bellini titulada Catalina de Guisa, la estrena el 29 de septiembre de 1859. Ese argumento a su vez está tomado de Henri III et sa cour de Alexandre Dumas (padre). El trasfondo ahí es la Liga Católica del rey de Navarra contra los hugonotes.

Paniagua retrata con similar filtro, la pugna entre liberales y conservadores de su contexto. El éxito obtenido lo animó a emprender con la Academia de Armonía y Composición y para 1863 tiene lista una segunda ópera (Pietro d’Abano) dedicada al héroe del 5 de mayo en Puebla. Aún está por compilarse su vasta obra, pero sabemos ya que compuso al menos seis zarzuelas, un cuarteto para cuerdas, obras corales, partituras variadas para orquesta de cámara y banda, salmos, oratorios, pastorelas y piezas para piano, así como escritos teóricos para solfeo, armonía, ejercicios de canto y métodos de contrabajo.

Al término del Segundo Imperio se instala en Córdoba, en 1868, y ahí vivió hasta su muerte el 2 de noviembre de 1882 víctima de tuberculosis. Su hijo Manuel fue también un músico importante.