Sin embargo, los planes no resultaron como se esperaba, pues su asesinato desestabilizó el frágil equilibrio que se había logrado después del movimiento armado. Con la muerte de Obregón y la presidencia desierta, muchos se interesaron en ocupar este lugar. Calles tuvo que hacer frente al problema político que se le presentaba y tratar de sortearlo en un momento coyuntural. Aunque, según los especialistas, la crisis pudo encararse de diversas maneras, decidió optar por la instauración de una organización política que permitiera legitimar el poder y unir a todas las facciones y partidos revolucionarios dispersos para elegir a un nuevo candidato. De esta manera se iniciaron los trabajos de creación de este nuevo partido, primero con pequeñas reuniones entre personajes como Calles, Gonzalo N. Santos, Emilio Portes Gil, José Manuel Puig Casauranc y Aarón Sáenz. El 5 de enero de 1929 se hizo el llamado para realizar una convención, la cual se llevaría a cabo en Querétaro, para formalizar los estatutos de la nueva organización y presentar al candidato presidencial. 

Así, el 4 de marzo de 1929 se fundó el Partido Nacional Revolucionario (pnr) como un bloque que reunía a distintas corrientes, con fuerzas políticas diferentes pero afines, provenientes del movimiento de 1910. También se integraron a esta nueva alianza los caudillos y jefes políticos regionales, dotando de legitimidad a este nuevo bando que habría de dirigir al país durante la siguiente década. En sus estatutos, el pnr fue planteado como un partido de masas, con la intención de salvaguardar los derechos de los trabajadores, promover la participación política mediante movilizaciones populares y una mayor colaboración de estos sectores en los asuntos de Estado, al igual que una distribución más equitativa de la riqueza.