El Instituto Ibero-Americano de Berlín hoy preserva uno de registros arqueológicos más sistemáticos y detallados de estas ruinas de finales del siglo xix, el realizado por el militar, ingeniero, arquitecto y artista italiano, y nacionalizado austriaco, Teobert Maler en los años de 1885, 1897 y 1900, a las que también nombró Yaxchilán (entre piedras verdes), denominación que tomó de un arroyo tributario que desemboca en el Usumacinta. Gracias a los esfuerzos de colaboración entre este instituto y la Coordinación de Memoria Histórica y Cultural de México, sus notas manuscritas, planos arqueológicos, dibujos arquitectónicos y fotografías que hizo sobre esta antigua ciudad maya (que alcanzó su mayor crecimiento entre 600 y 900 d.C.), ya pueden ser consultados y estudiados dentro del repositorio Memórica. Los dos últimos años que Maler estuvo en Yaxchilán despejó muchos vestigios de la densa capa de vegetación selvática, que durante muchos siglos los cubrió, con el objetivo de documentarlos de la manera más detallada. Gracias a estos trabajos de desmonte pudo elaborar un mapa arqueológico que exhibe la topografía del terreno sobre el que se distribuyen los conjuntos arquitectónicos monumentales, espacios abiertos, edificaciones aisladas y monumentos de este asentamiento a los que les dio la nomenclatura que actualmente se encuentra en uso. Paralelamente, escribió notas descriptivas de 52 estructuras arquitectónicas y dibujó planos (cortes y perfiles) de las más importantes: 1, 6, 10, 11, 21, 22, 23, 42, 44, 19, 20, 25, 30, 33, 39, 40.  Fotografió por el exterior las últimas cinco y sólo tres de ellas en su interior. Obtuvo fotografías de 47 dinteles, 20 estelas y varios altares, todos esculpidos sobre piedra y con escritura jeroglífica.