Esta tradición se remonta a antes de la llegada de los españoles, y para las sociedades prehispánicas dicho sistema fue primordial para su alimentación. La importancia de estos tres productos –maíz, frijol y calabaza– radicó en su domesticación, que se dio hace miles de años en territorio mesoamericano, en lo que actualmente es México. Aún hoy en día, en la agricultura de pequeños productores se busca adaptar las siembras a las necesidades alimentarias de las familias y de las regiones donde es empleada, por lo que se llegan a intercalar cosechas de chiles, quelites, tomates, inclusive plantas medicinales o árboles frutales que suelen ser plantados a la orilla. Lo anterior permite que la riqueza de los alimentos en una milpa aporte diversos beneficios como preservar la diversidad de estos elementos originarios y fomentar la gastronomía tradicional, y en el medio ambiente propicia la polinización y el control de plagas.