Pero un hecho casual hizo que el entonces senador suplente por el estado de Chiapas se encontrara en la Ciudad de México durante el mes de febrero de 1913 y lo convirtió en testigo de lo que hoy en día se conoce como la Decena Trágica. Domínguez se hospedaba en el Hotel Jardín y su hijo en la Asociación Cristiana de Jóvenes, edificio cercano a la Ciudadela. Por ello pudo ver desde una posición privilegiada todo el proceso golpista que inició desde el 9 de febrero y que culminó con la muerte del presidente Francisco I. Madero y del vicepresidente José María Pino Suárez a manos de los traidores encabezados por Victoriano Huerta el 22 de ese mismo mes. 

Claramente afectado por lo que sucedió, las cosas se pusieron aún más difíciles cuando el senador propietario y amigo de Domínguez, Leopoldo Gout, muriera poco tiempo después de los actos violentos ocurridos en aquellos días. El comiteco tuvo que asumir el cargo vacante, pero lejos de intimidarse ante su nueva encomienda utilizó su posición para protestar de manera abierta contra el golpe cometido por Huerta. Desde la tribuna de la Cámara expuso sus atrocidades y pidió su destitución, se opuso constantemente a las propuestas de su camarilla y denunció la traición contra Madero y Pino Suárez. Nunca frenó en sus protestas, incluso cuando veía cómo sus compañeros diputados caían uno a uno víctimas de la represión huertista. Para finalizar llegó su turno en el mes de octubre, cuando fue secuestrado y acribillado por defender los ideales de la justicia y la democracia.