Nació en el año de 1825 en la ciudad de México y a los cuatro años de edad sus padres —Eusebio García Monasterio y Ana Ramona de Icazbalceta y Musitu— lo llevaron a Cádiz, España, en razón del decreto de expulsión de los españoles expedido en 1828. En 1836 regresó a nuestro país y siendo muy joven alcanzó un destacado dominio de la lengua inglesa que le permitió traducir al español La historia de la conquista del Perú del reconocido historiador norteamericano William H. Prescott y "Varios viajes de ingleses a la provincia de México", artículo que salió en el Boletín de la Sociedad Mexicana de Geografía y Estadística. Además de ser el administrador de la hacienda de Santa Clara de Montefalco en el estado de Morelos, cuyas tierras eran de su propiedad, lo que le dio una gran estabilidad económica para dedicarse a la investigación, desarrolló un enorme interés por las lenguas nativas y por la historia temprana de la Colonia. Esto motivó que dedicará una parte considerable de su vida en reunir y comentar fuentes históricas del siglo xvi como crónicas, libros y papeles originales, que solía publicar en una imprenta que instaló en su domicilio.