Excomulgar a los curas significó colocarlos fuera de la comunión de la institución por sus ideas políticas. Si los párrocos no se arrepentían de manera manifiesta se les censuraba, y si predicaban se les prohibía participar en una celebración eucarística, de culto, recibir los sacramentos y ejercer el ministerio eclesiástico. La pena impuesta la debían saldar con el arrepentimiento, la profesión del credo y un acto de fe. Miguel Hidalgo fue excomulgado el 24 de septiembre de 1810 por el obispo de Valladolid Manuel Abad y Queipo en “excomunión mayor” ipso facto incurrenda mediante un edicto que posteriormente se publicó en la Gazeta Extraordinaria del Gobierno de México el viernes 28 de septiembre de aquel año y que fue ratificado por los obispos de la Ciudad de México y de Guadalajara. El motivo: sacrilegio y haber dado armas en una arenga.  Pese a la suspensión de excomunión, Hidalgo cayó en manos de las tropas realistas, y hecho prisionero, fue degradado y condenado, y al fijarle la causa en su contra le fue aplicada la pena capital el 29 de julio de 1811 en el Hospital Real de Chihuahua. Fusilado y decapitado, disminuido y humillado, se exhibió su cabeza en una de las esquinas de la Alhóndiga de Granaditas en Guanajuato. El 22 de julio de 1814, Abad y Queipo emitió un edicto en Valladolid para excomulgar a José María Morelos por herejía.  El 10 de julio de 1815 lo hizo para expulsar a quienes poseyeran o divulgaran la Constitución de Apatzingán. Algunos religiosos en su momento fueron castigados por pronunciarse en favor del levantamiento popular y diseminar las ideas de libertad en las provincias de la Nueva España. La excomunión a los insurgentes es una de las razones que forman parte de las peticiones de perdón del Gobierno mexicano al Estado Vaticano para reconocer el agravio histórico a los miembros de la Iglesia que participaron en el movimiento de la Independencia de México.