Entre las víctimas se encontraban comunidades  campesinas,  indígenas  y afromexicanas,  contra  quienes  militaron  en  los  movimientos  urbano populares, comunidades  violentadas  por  imposición  de  políticas  de  desarrollo, disidencias político partidistas,  personas  de  la  comunidad  sexo  diversa, periodistas, contra  refugiados  en  la frontera  sur  de  México, habitantes  de  zonas  en  las  que  se llevó  a  cabo  el  combate  al  narcotráfico, personas  marginadas  y  criminalizadas  por alguna  condición  de  vulnerabilidad, personas  que  formaron  parte  de  alguna disidencia religiosa, e incluso violaciones graves cometidas contra miembros de la propias fuerzas armadas y policiales a manos de sus propios mandos.

El informe está compuesto por seis volúmenes y una presentación, así como una reflexión sobre los derechos humanos con cuatro partes que tratan sobre las violaciones graves a los derechos humanos en comunidades indígenas, afrodescendientes, en estrategias contrainsurgentes; así como violaciones graves contra personas que se opusieron a políticas gubernamentales y a disidencias político-partidistas y sociales. Un tercero dedicado a las causas políticas y económicas de la violencia estatal, un cuarto sobre los perpetradores de la violencia de Estado y un quinto sobre la persistencia de la violencia estatal y finalmente un sexto con anexos y cifras.

El eje conductor según los recopiladores de estos casos y testimonios fueron las víctimas, a través de los testimonios se documentaron diversos planes como Telaraña, Rastreo, Cazador y Cóndor en el que se registraron operaciones sistemáticas de violencia estatal como detención arbitraria, secuestro, tortura, desaparición forzada, a tortura psicológica y físico-corporal, desaparición forzada transitoria, ejecuciones extrajudiciales, masacres, violencia sexual, allanamientos, desplazamientos, espionaje y persecuciones.