Luego de ese medio siglo en el que la Lotería operó desde la Junta de Propios y Arbitrios del Cabildo, alcanzada la Independencia hubo de reorganizarse y hallar justificación frente a sucesivos gobiernos. Entre 1843 y 1860, en el trastornado ámbito político mexicano, la Lotería intentó rescatar del abandono a la Academia de San Carlos. A la muerte de Juárez y hasta 1888 amplió su alcance con la denominación “para la Beneficencia Pública”. Adolfo de la Huerta modernizó el foco en 1920 y cambió a "Asistencia". En ambos siglos, la Lotería se verá atrapada entre polémicas sobre la moralidad del juego, las empresas del azar y su natural cercanía con la evasión y el crimen. La mácula del conflicto de interés en cuyo lindero operan funcionarios públicos, iniciativa privada, gobiernos estatales y federales, así como organismos públicos que buscan recursos provenientes de la Lotería, añaden complejas narrativas a la historia de la institución.

La Lotería Nacional es hoy un organismo descentralizado del Gobierno Federal con personalidad jurídica y patrimonio propio, creado por Decreto Presidencial el 24 de febrero de 1978, en ese entonces bajo el nombre de Pronósticos Deportivos para la Asistencia Pública. Actualmente, define su tarea como la obtención de recursos destinados a la Asistencia Pública al organizar y llevar a cabo, en territorio nacional, sorteos cuyos premios en efectivo o en especie son ofrecidos al público en general. El organismo está sancionado por la Secretaría de Gobernación y observada su operación por la Secretaría de Hacienda y Crédito Público. Es importante resaltar que no recibe recursos federales por concepto de transferencias y/o subsidios, es decir, se trata de una empresa sana.