Casi inmediatamente logró el reconocimiento de sus profesores y desde Italia enviaba a la Academia algunos lienzos para mostrar sus avances, entre ellos un autorretrato de 1847 que forma parte de esta selección, donde se le ve elegantemente vestido y observemos que logra captar minuciosamente su rostro iluminado por una fuente de luz, misma que resalta sus juveniles rasgos. Justo este aspecto del manejo de la luz dentro de sus composiciones enaltecen la fuerza de las tonalidades que es la característica más constante en su producción; en este sentido, la crítica más recurrente a su obra es que pese a su enorme talento no modificó su estilo, es decir, no experimentó nuevas temáticas, lo cual fue interpretado como una ausencia de imaginación del autor, cuya tópico principal era el retrato de personajes aburguesados, entre ellos su propia familia, su esposa y sobrinas, mismas que aquí pueden observarse.

Su reconocimiento se acrecienta en el viejo continente y piezas como Regreso de Colón de América de 1850 fue ampliamente difundida, a manera de grabado, lo cual le permitió ser aceptado en la Congregación de pintores virtuosi de Roma. Pese a todos los logros obtenidos, a su regreso a México anhelaba convertirse en el director de la Academia de San Carlos, sueño que no pudo cumplir aunque contaba con el apoyo del presidente Santa Anna, a quien había pintado al igual que a su esposa en 1855 en el Retrato de Doña Dolores Tosta de Santa Anna. Por ello, encontró refugio en la creación de murales religiosos, y tras el fin del imperio de Maximiliano, Juan Cordero se abocó a su labor de retratista una vez más. De esta etapa creativa contamos con La sonámbula de 1865. Finalmente, con la elaboración del primer mural laico de la historia del arte en nuestro país realizado en la Escuela Nacional Preparatoria devino el antecedente directo de la gran escuela muralista que brilló en el siglo XX tras el triunfo de la Revolución.