Este notable estudioso de los vestigios arqueológicos del México antiguo, al que muchos han señalado como “el arqueólogo de don Porfirio”, nació en la Ciudad de México en el año de 1852. Su padre, don Salvador Batres, ocupó cargos consulares en Alemania y los Estados Unidos, así como en la administración de aduanas en las dos costas del país, y su madre fue doña Francisca Huerta, en cuyo hogar recibió a destacados personajes políticos e intelectuales de finales del siglo xix. Batres hizo estudios de primaria en esta capital y en su juventud se trasladó a París, Francia, donde se ha dicho que realizó cursos de antropología, aunque esta información hasta la fecha no ha sido corroborada con documentación relacionada a dichos estudios.

Al regresar a México en 1873 comenzó su carrera militar, la que finalizó en el arma de Caballería, y es en esa época cuando tuvo su primer encuentro con el general Porfirio Díaz. En 1883, Batres trabajó en el Museo Nacional de México, ubicado en la calle de Moneda, en el actual Centro Histórico, y un año después se le encargó encabezar la Inspección de Monumentos Arqueológicos de la República Mexicana. En 1888, la Secretaría de Justicia e Instrucción Pública sumó a sus responsabilidades como inspector la de conservador. Renunció a dicho puesto hasta 1911, al término del porfiriato.