Uno de los hospitales más famosos durante el sitio fue el Hospital Militar de San Juan de Dios, que fue dirigido por un joven médico llamado Francisco Montes de Oca, con una capacidad para 220 camas. Durante estos meses, el joven Montes de Oca probó por primera vez algunos procedimientos de amputaciones con algunas modificaciones de autoría, siendo exitosos. El hospital, que había sido ubicado en una iglesia que tuvo que ser adaptada para ser un centro médico, era el ejemplo de las precarias condiciones con las cuales el ejército mexicano estaba llevando a cabo su lucha.

La situación era apremiante. Los franceses realizaban asaltos de manera frecuente a los fuertes improvisados que se erigieron y generalmente los acompañaban con nutridos bombardeos de su artillería. Tanto los ataques como las condiciones sanitarias del sitio provocaban que a los hospitales llegaran soldados y civiles con heridas de bala, traumas provocados por los proyectiles de la artillería (cuyo procedimiento para atenderlos era generalmente la amputación) y dolientes por las múltiples enfermedades que brotaron al interior de la urbe, entre ellas la tifoidea, la cual cobró muchas vidas. Esto no impidió que los médicos otorgaran sus mejores servicios. El teniente coronel Francisco Troncoso, quien estuvo presente, relató: “Lo que es el personal de médicos es muy bueno, sobretodo en la parte que puede tenerse como directiva y que ejecuta las operaciones delicadas. Todo el personal ha trabajado mucho, muchísimo, pero con todo y lo que se decía de que los hospitales estaban perfectamente dotados, el caso es que se agotaron las medicinas más necesarias, que tampoco existían ya en las boticas de la ciudad, porque también allí se acabaron en los últimos días del sitio, y los médicos estaban apuradísimos.”

El Cuerpo de Sanidad Militar se vio rápidamente sobrepasado y colapsado por la alta demanda que surgió. Sin embargo no podemos omitir que éste no sólo recibió recursos del mando militar central, el cual recurría frecuentemente a préstamos forzosos, sino que también contaba con el apoyo de la sociedad civil, quien en solidaridad le enviaba no sólo dinero recaudado en funciones de teatro y obras de caridad, sino también colchones, almohadas, sábanas y material e instrumentos médicos que era esenciales para el funcionamiento de los hospitales. Incluso se establecieron algunos pequeños hospitales en la capital del país que pretendían ser una extensión de aquel sistema sanitario de Puebla. Mujeres de familias prominentes, actores, hasta dueños de hoteles, todos realizaron aportes para ayudar a sostener la empresa sanitaria.

Pese a los grandes esfuerzos realizados por el Cuerpo de Sanidad Militar, cuando la plaza cayó en poder de los franceses el periódico El Monitor Republicano publicó: “Hay una inmensa cantidad de heridos en Puebla, hasta el grado de que llenos los hospitales no había ya dónde ponerlos. A los médicos militares del ejército de Oriente, se les ha permitido por los franceses que vengan á México para llevar recursos para la asistencia de los heridos”. La batalla había acabado, pero varios médicos militares habían ya llegado a la Ciudad de México para preparar nuevos hospitales y atender a los heridos. La guerra estaba, apenas, en sus inicios.