No fue sino hasta el 26 de marzo que el mando francés ordenó, previó a un “violentísimo fuego” de artillería, el ataque sobre el fuerte de San Javier y la Penitenciaría y tres días más tarde el asalto de dicho punto. Las crónicas sobre este hecho dejan en evidencia lo cruento de la jornada. Francisco de Paula Troncoso, entonces teniente coronel de la sección de Ingenieros del Ejército de Oriente, registró en su Diario de Operaciones militares lo siguiente “… el ataque y toma de San Javier, fue el hecho de armas más grande del sitio de Puebla” pues en éste los soldados de Napoleón III “atacaron con 5000 hombres, más su reserva y 36 bocas de fuego, ni la guarnición de la plaza respondió al final con 48 cañones”.

La embestida que referimos fue una de las más notables que realizaron los europeos. El propio general Forey, en un informe que remitió al ministro de Guerra de su país, le mencionó que el intenso cañoneo del día 29 “solo se puede comparar con el de Sebastopol”, aquel célebre sitio durante la guerra de Crimea. En el documento citado registró que tuvo una pérdida de 231 soldados y 16 jefes y oficiales. Fue tal la trascendencia del asalto a San Javier que éste ha sido representado por la plástica en distintas pinturas y grabados tanto por mexicanos como por franceses.

Uno de los enfrentamientos o asaltos más encarnizados durante el sitio fue el del cuadro de la calle del Pitiminí del 24 de abril. El mando francés preparó de manera meticulosa la maniobra. Para tal fin, previo al ataque, construyeron galerías subterráneas en las que instalaron hornillos cargados de pólvora en las manzanas contiguas al punto referido, mismos que hicieron explotar cuando oscurecía. Los resultados de la detonación fueron atroces para el Ejército de Oriente, no sólo por la destrucción de las casas en esa manzana, sino también por las bajas sufridas por las fuerzas mexicanas, pues varios batallones quedaron sepultados entre los escombros de los edificios derruidos.

Sobre lo acontecido en el Pitiminí, el propio Troncoso apuntó: “A las seis de la tarde, y cuando apenas acababa de pasar un copioso aguacero, se escuchan varias fuertes detonaciones, y unas seis casas de Pitiminí, caen derribadas como por encanto. Era que las minas habían estallado. Los que se encontraban en las primeras naves, fueron volados y aplastados, pero como en algunos cuartos de las segundas, las vigas cayeron solamente de un lado, muchos se salvaron […] Las pérdidas han sido muy sensibles, pues tanto en la volada de las casas, como en dos ataques, hemos perdido más de ochenta soldados y un oficial”.

Lo acontecido en San Javier y Pitiminí son sólo dos ejemplos de la lacerante y violenta lucha que sostuvieron sitiadores y sitiados. El material gráfico que se dispone de la ciudad de Puebla al término del sitio en mayo de 1863, deja patente los estragos de la guerra en aquella urbe: casas particulares, templos, calles y espacios públicos en ruinas como resultado del constante bombardeo y lo encarnizado de la lucha.

A principios de mayo, y al percatarse Jesús González Ortega lo difícil que sería seguir defendiendo Puebla ante la carencia de pertrechos y alimentos y la imposibilidad de recibir éstos, consideró la capitulación. Fue así como después de dos meses de resistencia el 17 de mayo el ejército francés pudo entrar a ella. Los combates en el interior de ésta habían concluido, no así la guerra a nivel nacional que habría de extenderse por cuatro años más.