Los primeros años de su infancia, Maler se educó en la escuela municipal de esa población y desde muy joven comenzó a tener un rechazo hacia su padre debido a la poca atención que siempre tuvo hacia él y por la escasa inversión económica que brindó a su formación escolar, lo que a futuro lo limitó en las oportunidades de desarrollo profesional.

En 1857 comenzó las carreras de ingeniería y arquitectura en el Colegio Politécnico de Karluche. Al finalizar esos estudios en 1862, y con 20 años cumplidos, se fue a vivir al país vecino de Austria y en la capital, Viena, estableció su residencia. Ahí trabajó como uno de los subalternos del afamado arquitecto austriaco Heinrich von Fersteler en las obras de construcción de la Iglesia Votiva (Votivkirche). En su juventud las diferencias con su padre se volvieron irreconciliables. Por esto decidió romper con él, y gracias a las leyes de Barden pudo recibir una parte de la herencia que le correspondía por la línea materna. Con lo que obtuvo se mudó a París, Francia, hizo un pequeño curso de dibujo y pintura (técnica de acuarela) y después viajó hasta llegar a Londres, Inglaterra. En esos dos países aprendió algunos idiomas. Ya de regreso en Austria, a los 22 años, se enlistó en junio de 1864 como cadete en la Primera Compañía de Pioneros del Ejército Imperial Mexicano que estaba bajo las órdenes del archiduque Maximiliano de Austria, quien había sido nombrado emperador de México a instancias del emperador Napoleón III de Francia. Esta fuerza armada, conformada principalmente por voluntarios belgas y austriacos, se creó para dar apoyo a las maniobras militares que el ejército francés estaba realizando en territorio mexicano. En el mes de noviembre la compañía desde Saint-Nazaire, Francia, fue movilizada a Trieste, puerto imperial austriaco en el Mar Adriático (hoy en Italia). Desde ahí, Maler y otros 1,100 soldados que conformaban el Cuerpo Militar de Voluntarios Austriacos abordaron a finales de diciembre de 1864 la embarcación inglesa El Boliviano, que zarpó con dirección a las playas mexicanas en el Golfo de México.

El 19 de junio de 1867, Maximiliano fue fusilado en Querétaro y dos días después las tropas republicanas de Benito Juárez tomaron la capital del país derrotando al Ejército Imperial. Con la caída estrepitosa del Segundo Imperio Mexicano, Maler decidió no seguir a los invasores de regreso a Europa y se quedó en México. En los meses restantes de aquel año, por el miedo a la persecución por su participación con las fuerzas armadas extranjeras, vivió con mucha cautela en poblados de los estados de México e Hidalgo, dedicándose al comercio, y en los tres siguientes años residió primero en Querétaro y luego en Michoacán. En 1868 hizo una corta estancia en la Ciudad de México, donde compró equipo fotográfico y, gracias a la lectura de manuales para su uso y de las emulsiones tan populares en esa época, aprendió dicho oficio, el cual ejerció durante las décadas siguientes. Con su cámara logró obtener un número considerable de imágenes que muestran la diversidad del paisaje natural, las antiguas ruinas, los objetos y las colecciones arqueológicas, los poblados, las ciudades mexicanas y retratos de indígenas, mestizos y de extranjeros en México.

En los años que siguieron fue contratado por el Ministerio de Fomento para hacer labores de reconocimiento de terreno para la apertura de vías de comunicación en la inmensa región del Occidente (Jalisco, Colima, Michoacán) y en una parte del suroeste de México (Guerrero). En 1875 residió en la ciudad de Oaxaca; ahí alquiló o bien operó un estudio fotográfico que le dio la oportunidad de visitar ruinas arqueológicas como las de Mitla, pueblos y otras localidades en ese estado. En 1876 y 1877 vivió en la región de Tehuantepec y posteriormente se trasladó al estado de Chiapas, donde fotografió en tres distintas ocasiones las ruinas mayas de Palenque y luego se dirigió a la población de San Cristóbal de las Casas, donde residió hasta enero de 1878. En esta ciudad la lente de su cámara obtuvo imágenes de calles, edificios, panorámicas, los óleos de la iglesia y retratos de sus habitantes. En ese año regresó a Europa para reclamar la herencia de su padre, que falleció tres años antes en Venecia y quien dejó una enorme fortuna que el Estado prusiano confiscó a la familia. La disputa legal que duró casi siete años no lo dejó retornar a México.

Durante esos años que estuvo en el Viejo Continente residió en dos ocasiones en París, Francia, donde ofreció conferencias, y viajó a Inglaterra, Austria y Alemania. En el último país estuvo, además de en la capital, en otras ciudades como Dresde, Múnich, Baden-Baden, y en 1881 emprendió un largo viaje por el Oriente Próximo recorriendo principalmente Turquía y Armenia. También en Europa entró en contacto y estableció relaciones con el mundo de los museos, consultó y adquirió publicaciones de temas arqueológicos y etnológicos en las bibliotecas, aprendió el procedimiento fotográfico de placas secas de gelatina que acabó desplazando al colodión húmedo en 1882 y adquirió equipo para la toma de fotos. En 1884 se resolvió a su favor el litigio legal regresándole el patrimonio de su padre, y en Austria solicitó la ciudadanía austriaca, misma que le fue concedida. En febrero del año siguiente, ya con la enorme herencia en sus manos, decidió retornar a México. Desde el puerto de El Havre en Francia, zarpó en el barco Oaxaca con rumbo a la península de Yucatán, donde Maler comenzaría su proyecto de exploración y documentación sistemática de la arquitectura y monumentos escultóricos de los mayas antiguos, que duraría alrededor de 25 años.​​

Las edificaciones y monumentos escultóricos de esas ruinas los documentó cuidadosamente con detallados dibujos, planos y perfiles arquitectónicos con anotaciones y mediciones, en libretas de campo y con fotografías, cuyas impresiones hizo en Ticul. Toda esa monumental documentación arqueológica la dejó organizada en un manuscrito de tres tomos titulado La Península de Yucatán, que quedó inédito y en el que resumió los resultados de sus investigaciones. Ochenta años después de su muerte, gracias al enorme esfuerzo de investigación y al trabajo editorial hecho por el ya fallecido arqueólogo también austriaco Hanns J. Prem, la obra fue publicada en 1997. Hay que agregar que la revista alemana Globus en los años de 1895 y 1902 le publicó a Maler varios artículos que son monografías de sitios arqueológicos en Campeche y Yucatán explorados hasta 1894 y de otros que más tarde inspeccionó en el último estado de 1898 a 1901.

También en 1895 este incansable explorador modificó su nombre por “Teoberto Maler” ―firmando así sus fotografías y dibujos de ahí en adelante―, se internó en el sureste, dentro de las junglas de Guatemala y Chiapas. Con sus recursos económicos hizo un trabajo de reconocimiento por los ríos Pasión y Usumacinta, en cuyas riberas del último descubrió el sitio arqueológico de Piedras Negras en Guatemala y visitó por primera vez el de Yaxchilán en México, al que regresó en una segunda ocasión para un reconocimiento que organizó en 1897. También por esa época, con la intención de aumentar sus ingresos económicos y la aceptación en los círculos académicos, elaboró juegos de impresiones fotográficas de gran formato montadas de manera uniforme a las que adicionó mapas e información complementaria de los sitios arqueológicos ―de los que disponía documentación― con el objetivo de venderlos a los museos y universidades en el extranjero. Al contactarse con las últimas para ofrecer esos juegos, llamó la atención a los directivos del Museo Peabody de la Universidad de Harvard, Massachusetts, quienes lo contrataron para realizar exploraciones arqueológicas en el Departamento del Petén de Guatemala, en la cuenca del Usumacinta que comparten el anterior y México, y dentro del territorio de Honduras Británica (actualmente Belice). Financiado ya por esa renombrada institución norteamericana, y acompañado por gente nativa, emprendió tres expediciones que tuvieron diferente duración; la primera temporada tuvo lugar en 1898, la segunda, en 1899-1900, y la tercera, de 1904-1905, y duró al menos 21 meses. Gracias a esas tres temporadas regresó a las ruinas de Palenque, Piedras Negras, Yaxchilán y visitó más a lo largo del Usumacinta, como se tratará en la siguiente sección de esta sala. También exploró Tikal, Benque Viejo, El Naranjo, Altar de Sacrificios, Cankuen, Motul de San José, Yaxhá y Seibal, entre muchas otras. Estos enormes asentamientos fueron limpiados de su vegetación para levantar planos que exhiben la distribución espacial de sus principales edificios y monumentos escultóricos, los que Maler acompañó en su documentación con notas descriptivas, plantas y perfiles arquitectónicos, y el meticuloso registro fotográfico correspondiente. El inmenso archivo arqueológico de las Tierras Bajas mayas centrales y del sur que recuperó en esas temporadas de campo salió a la luz en las siguientes obras: Research in the Central Portion of Usumatsintla Valley, partes 1 y 2, 1901-1903; Explorations of the Upper Usumatsintla and Adjacent Region, 1908; Explorations in the Department of Peten, Guatemala and Adjacent Region, partes 1 y 2, 1908-1910; Explorations in the Department of Peten, Guatemala: Tikal, 1911. Estas cuatro publicaciones integran los volúmenes II, IV y V de la serie que recibió el título traducido al español: Memorias de Arqueología y Etnología Americanas del Museo Peabody de la Universidad de Harvard.

En el año de 1909, Teoberto Maler rompió de manera definitiva su relación con el Peabody dando fin a sus trabajos arqueológicos de campo. El quiebre sucedió por las enormes discrepancias surgidas, sobre todo, tras la supresión de imágenes de parte del Peabody en las Memorias (ya no se quería invertir mucho dinero en su publicación), lo que provocó un tremendo disgusto al investigador austriaco. Esto precipitó que se dejara inconclusa su investigación de Tikal, la que después terminaría el arqueólogo Alfred Tozzer. En 1910 y 1912 asistió a los Congresos Internacionales de Americanistas celebrados respectivamente en la Ciudad de México y en Londres, Inglaterra, lo que le permitió hacer un viaje a París. A su regreso de esa última visita a Europa, residió en la ciudad de Mérida en una casa que rentó desde 1907 o 1908. Sus últimos cinco años los dedicó al trabajo en su estudio fotográfico y a la venta de fotografías.

Casi en la miseria, Teoberto Maler falleció el 22 de noviembre de 1917, terminando así la vida de uno de los más grandes estudiosos de finales del siglo xix e inicios del siguiente, que dedicó gran parte de su vida y de sus recursos económicos a la investigación y documentación sistemática del registro arqueológico dejado por los mayas antiguos. Su legado ha sido la base de lo que hoy sabemos sobre el lejano pasado en la inmensa región cultural de las Tierras Bajas mayas del sur, centro y norte que se extienden en el suroeste de México y también en Centroamérica.

En 1895, durante su primer viaje a la región del Usumacinta, Maler visitó brevemente Yaxchilán y Piedras Negras entre julio y agosto. Volvió en 1897 para llevar a cabo un estudio más amplio, dando cuenta, entre mayo y junio, de los sitios de: El Cayo, Budsilhá, La Mar, El Chile, Anaite II y El Chicozapote; más adelante, entre julio y agosto, se dedicó a documentar Yaxchilán, haciendo una breve visita a Piedras Negras en su viaje de regreso. Posteriormente, en enero de 1898, viajó hacia la parte norte del Usumacinta a los sitios: La Reforma, Chinikihá, Cháncala, y Xupá; y en agosto de ese mismo año, organizó una expedición al lago Pethá.

Finalmente, en 1899, ya financiado por el Museo Peabody de la Universidad de Harvard, Maler regresó a la región del Usumacinta, primero para llevar a cabo, entre los meses de septiembre y noviembre, un registro exhaustivo de los edificios y los diversos monumentos de Piedras Negras, entre los que reportó un total de 37 estelas. Después se dirigió a Yaxchilán para ampliar sus estudios sobre el sitio, donde extendió su estancia a un periodo que abarcó desde diciembre de 1899 hasta finales de marzo de 1900. Posteriormente, continuó su camino hacia el sur, siguiendo el curso del río Usumacinta, hasta alcanzar su confluencia con el río Lacantún, donde visitó el sitio de San Lorenzo, concluyendo su expedición a mediados de abril de 1900.

En 1901 y 1903, Maler publicó los resultados de sus exploraciones en la región del Usumacinta, en la serie Memoirs del Museo Peabody; se trata de la ya referida publicación dividida en dos partes, intitulada: Researches in the Central Portion Central of the Usumatsintla Valley. Report of Explorations for the Museum, 1898-1900.

En dichas condiciones, Maler hizo su primera visita a Yaxchilán entre el 14 y 15 de julio de 1895, alojándose en el Edificio 6; en este breve lapso no tomó fotografías, pero sí dibujó los planos de las Estructuras 6 y 33. Unos años después, regresaría entre julio y agosto de 1897, aunque en esta ocasión su morada fue el Edificio 19 y durante su estadía no sólo capturó todo lo que le fue visible, sino que también hizo dibujos tanto de los monumentos como de los edificios que consideró más relevantes, además de que recorrió gran parte del sitio, lo que le permitió descubrir en la Acrópolis Mayor, las Estructuras 37, 38, 39, 40 y 41.

Es de resaltar que la formación que Teobert Maler tenía como arquitecto le permitió definir las características de los edificios aún cubiertos por los escombros y maleza, dibujando así sus plantas, perfiles y cortes arquitectónicos; él afirmaba que haciendo los dibujos de las fachadas de las estructuras pudo familiarizarse con el sistema constructivo, lo que le facilitó la búsqueda y hallazgo de dinteles entre las ruinas.

En 1899 volvió por última vez a Yaxchilán, ya financiado por el Museo Peabody de la Universidad de Harvard, con la intención de ampliar su conocimiento sobre el sitio, por lo que extendió su estancia desde diciembre de 1899 hasta finales de marzo de 1900. En esos tres meses completó su plano general, tomó fotografías (que serán presentadas en la siguiente sala) e hizo varios moldes en papel de los monumentos; asimismo, descubrió las estelas 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 y 20 en las terrazas que estaban debajo de las Estructuras 39, 40 y 41, con lo que sumadas a las que ya se tenían contabilizadas anteriormente se alcanzó un total de 20.

Cabe mencionar que Maler encontró varios dinteles que se sumaron a los ya conocidos; al respecto, él mismo mencionaba: “Dado que nunca son abundantes los dinteles y frecuentemente se contenta uno con encontrar dos o tres, e incluso uno solo, el resultado de mi exploración debe verse como extraordinario. Después de mi segunda expedición los hallazgos de dinteles esculpidos aumentaron a 46, incluyendo los que aserraron visitantes anteriores” (Maler, 1986: 66).

Finalmente, un aspecto relevante a tener en consideración en el trabajo de Maler fue su registro fotográfico, en el que no siempre utilizó la luz del día para sus tomas, de hecho, en muchas ocasiones prefirió la oscuridad de la noche, pues haciendo uso de la tecnología de la época, la luz de magnesio, le era posible tomar imágenes valiéndose del juego de luz y sombras, que resaltaban los detalles de los grabados en altorrelieve.