Después de tres estancias en Yaxchilán, Teobert Maler ya había recorrido la mayor parte del área monumental del sitio y realizado dibujos de plantas y cortes de los principales edificios, por lo que ya contaba con una idea clara de la distribución general del asentamiento y le fue posible describirlo de la siguiente manera:

En su exposición del sitio, Maler describió cada una de las construcciones, comenzando desde las ubicadas en la parte más baja del meandro y aledañas al río hasta llegar a las que se localizan en la cima de las colinas. En el mapa general de Yaxchilán señaló tres áreas en las que se distribuyen los edificios: la Ribera alta monumental, la Acrópolis grande y la Acrópolis pequeña; no obstante, al hacer la descripción de los edificios los agrupó en cinco conjuntos: 1) Sector A: el terraplén curvo y los edificios en las terrazas de la ladera noroeste de la cadena montañosa adyacente; 2) Sector B: la cadena de templos cerca del pie de la cuesta noreste de la cadena montañosa de la Acrópolis Mayor y Menor; 3) Sector C: segunda cadena de estructuras situada un poco más arriba, sobre la misma ladera noreste de la cadena montañosa de la Acrópolis Mayor y de la Menor; 4) Sector D: la Acrópolis que corona la cadena montañosa desde el Templo de Ketsalkoatl sin cabeza hasta los tres lejanos templos del sur; 5) Sector E: la Acrópolis Menor.

Cabe mencionar que en la actualidad la nomenclatura numérica que Maler estableció para los edificios y monumentos se conserva, en lo general, con ligeras modificaciones, y lo mismo sucede con los tres conjuntos mayores que indicó en su plano general de Yaxchilán, siendo ahora conocida el área de la Ribera alta monumental como la Gran Plaza, mientras que a la Acrópolis grande y a la Acrópolis pequeña se les ha designado como: la Gran Acrópolis y la Pequeña Acrópolis, respectivamente.