Esto dio pie al envío de tres expediciones encabezadas por diferentes funcionarios en los siguientes años. La primera por Antonio de Calderón en 1784, cuyo reporte también estimuló a las autoridades españolas para realizar una segunda en 1785, a cargo del arquitecto Antonio Bernasconi, quien elaboró un plano del área central de las ruinas. Y la tercera fue dirigida por el capitán Antonio del Río en el año de 1787. Después de sus trabajos de prospección y excavación en las ruinas, cada una de las expediciones presentó un informe arqueológico ilustrado con dibujos de arquitectura y escultura palencana; hay que agregar que de la segunda y de la tercera expedición también se levantaron vistas y plantas arquitectónicas de algunos templos y del ya referido Palacio.

Estas tres investigaciones, y otros hallazgos de antigüedades en la capital de México y en sus alrededores antes de finalizar el siglo xviii, condujeron a la organización de la más ambiciosa empresa de investigación de los monumentos del pasado indígena en el Nuevo Mundo que, por instrucciones de la Corona española, se ejecutó en el virreinato de la Nueva España entre los años de 1805 a 1808.

Nos referimos a la conocida Expedición Real Anticuaria a la Nueva España que recibió el apoyo del rey Carlos IV de España, a la que se designó para su dirección a Guillermo Dupaix, capitán del Ejército de Dragones retirado, y como colaborador a Luciano de Castañeda, dibujante pensionado de la Escuela de San Carlos que lo acompañó para dibujar piezas, petrograbados, monumentos escultóricos y diversas edificaciones. Durante su tercer recorrido, iniciado en diciembre de 1807, luego de examinar y documentar varios yacimientos arqueológicos en los estados de Puebla y Oaxaca, se internaron en el actual territorio chiapaneco. De Ciudad Real (San Cristóbal de las Casas) se trasladaron al poblado de Ocosingo, en cuyas cercanías inspeccionaron las ruinas hoy conocidas como Toniná, de las que dibujaron varios monumentos escultóricos parcialmente mutilados. Después se encaminaron con destino a Palenque. Antes de llegar, se entrevistaron con el ya referido Ramón Ordóñez y Aguiar, quien les mostró un hacha de serpentina con rostro antropomorfo y un medallón de metal. Varios días se estacionaron cerca de las ruinas, desmontando parte de la vegetación en El Palacio y los templos aledaños para hacer visible su arquitectura, técnicas constructivas y rica decoración escultórica, y se hicieron excavaciones en la búsqueda de objetos que dieran cuenta de la población que ahí residió. Dupaix registró estos hallazgos con anotaciones manuscritas y Castañeda delineó plantas, perfiles y vistas arquitectónicas de los edificios y copió lápidas con jeroglíficos y relieves con figuras humanas en estuco que fueron descubriendo. Se tuvo que esperar para que la documentación producto de la Expedición Real Anticuaria fuera por primera vez publicada por Henry Baradère en el volumen I de su Antiquités Mexicaines, que salió en Francia en el año de 1836, y por esas mismas fechas en Inglaterra el renombrado conde Lord Kingsborough también la imprimió en los tomos IV y V de su magna obra Antiquities of Mexico, cuyos nueve tomos se publicaron entre los años de 1830-1848.

En este escrito describió que al navegar el río Usumacinta aguas abajo, una gran catarata interrumpía su corriente. En las cercanías de su caída existía el rumor de que: “Dentro de una extensa cueva [sic, ¿curva?] sobre la orilla izquierda hay unas ruinas extraordinarias y numerosas; y en cierto modo más abajo de la corriente hay una asombrosa piedra monumental con caracteres” (Galindo, 1833: 60, Graham, 1963, y traducción en Mathews, 1997, p. 45).

En el párrafo anterior la corrección de la palabra “cueva” por “curva” contribuye a esclarecer que esas ruinas son quizás las de Yaxchilán y hay indicios de que ese inmenso monolito con caracteres probablemente sea el sitio arqueológico hoy conocido como El Cayo; algunos de sus monumentos escultóricos (dos dinteles y una estela tallados sobre roca) fueron fotografiados por Maler en 1896. En la década del setenta de ese siglo xix, el gobierno mexicano otorgó concesiones para la explotación de maderas en esta zona del Usumacinta, en la actual selva lacandona, cuyo ―reciente― nombre deriva de las comunidades indígenas que han vivido en esa jungla desde época prehispánica: los lacandones. Es importante señalar que en la Colonia El Lacandón eran los bosques situados a ambos lados de este río. De acuerdo con un informe citado por Ignacio Mariscal en su libro acerca de las disputas de los límites fronterizos entre México y Guatemala, publicado en 1895, un talador de nombre Rito Zetina refirió que entre 1871 y 1872 estuvo cortando árboles en unas ruinas llamadas “Menché”, que se encontraban en el margen izquierdo del río Usumacinta y debajo de un arroyo tributario cercano conocido como “línea Yaxchilán”. Esa primera denominación de Menché comienza a ser más comúnmente utilizada por los primeros extranjeros que lo visitaron en los dos primeros años de la octava década del siglo xix.

Al año siguiente viajó a través del Petén guatemalteco hasta la confluencia de los ríos Pasión y Usumacinta. Siguió la corriente de navegación del segundo hasta advertir en su ribera izquierda un montículo de piedras que anunciaba su arribo a las ruinas. En estas últimas estuvo del 18 al 26 de marzo, haciendo trabajos de recorrido y reconocimiento de sus vestigios, de los que resultó el levantamiento de un rudimentario plano con la distribución de las principales edificaciones y de sus monumentos escultóricos asociados. En el plano escribió letras mayúsculas para identificar a las primeras y puso números a los segundos. De los últimos elaboró dibujos con una alta calidad en los que resaltó detalles de las inscripciones jeroglíficas y de las figuras esculpidas sobre los dinteles, de los que obtuvo espléndidas imágenes fotográficas.

En el caso de los edificios, una vez liberados en forma parcial de la selva que los cubría, Maudslay fotografió principalmente las fachadas de los templos. También de algunos de los últimos y de los que nombró Casas, dibujó perfiles y plantas arquitectónicas con sus divisiones internas. Contrató a Gorgonio López, que en 1883 movió ocho dinteles hasta el Museo Británico en Londres, Inglaterra. Uno de ellos se extravió en Berlín durante los bombardeos de la Segunda Guerra Mundial. De varios dinteles se elaboraron moldes en papel, técnica que Maudslay aprendió de Désiré Charnay. Este viajero y fotógrafo francés partió desde Tenosique, Tabasco, a las ruinas de Yaxchilán, las que bautizó con el nombre de “Ciudad Lorillard” en honor al patrocinador de su expedición; y sin saberlo llegó dos días después que Maudslay. Este último le dijo, una vez que se encontraron ahí, que no tenía ninguna intención de escribir o publicar nada de esos antiguos vestigios, y de su descubrimiento, agregó a Charnay que lo podía omitir y decir que él lo había hecho.

El estudioso francés supo de la existencia de esta “ciudad pérdida” por la información que le transmitió el jefe político de Tenosique antes de su salida de ahí. Durante los días que dedicó a su inspección de las ruinas, pudo calcular con cierta certeza ―según él― que este asentamiento, que era muy semejante en varios aspectos (arquitectura, materiales constructivos, inscripciones, bajorrelieves, en la representación de las figuras humanas, entre otros) al de Palenque, contaba de 15 a 20 edificaciones como templos y palacios y otras donde habitaban los principales. Dibujó los planos arquitectónicos con divisiones interiores de los templos o Edificios 33 y 19, este último conocido como El Laberinto, que ocupó durante su estancia aquí y que Maudslay habilitó para él antes de su llegada. Y del primero hizo fotografías de su fachada y de una gran escultura que encontró en su interior. En su libro Las antiguas ciudades del Nuevo Mundo. Viajes de exploración por México y la América Central (1857-1882), impreso en Francia en 1885 y en lengua inglesa en 1887, presentó una descripción muy general de las ruinas con las imágenes y planos arquitectónicos antes señalados y lo ilustró con las imágenes de tres dinteles, de los que hizo moldes. Dos de esos dinteles formaron parte de los ocho que Maudslay ordenó fueran adelgazados de sus pesados bloques de roca. Una vez retirado el peso muerto las caras bellamente esculpidas de estos dinteles fueron trasladadas a Europa con el apoyo del ya mencionado Gorgonio López. Hubo que esperar hasta los inicios del siglo xx para que apareciera alguna nueva publicación sobre la arqueología del área aledaña al río Usumacinta y del sitio arqueológico, hoy mejor conocido como Yaxchilán.