Hacia la mitad del mes de septiembre de 1908, Gamio se disponía a seguir con sus investigaciones en el sur de Zacatecas. Casualmente, antes de partir, se enteró de la existencia de vestigios arqueológicos al oeste de Chalchihuites, en el rancho de Buena Vista o Alta Vista.

Al llegar al lugar descubrió una serie de montículos de diversas formas cubiertos de vegetación, y en las cimas observó alineamientos de rocas semienterradas. Ese mismo día, Gamio comenzó la excavación de los monumentos arqueológicos de Alta Vista, trabajos que continuaron a lo largo de dos meses.

Con fecha de 14 de septiembre de 1908 envió un telegrama a Justo Sierra informando sobre el hallazgo de importantes monumentos arqueológicos desconocidos hasta ese momento.¹ El 15 de octubre de ese mismo año, el licenciado Sierra contestó por escrito a Gamio señalando que recibió con mucha satisfacción la notificación que giró vía telegráfica desde Chalchihuites sobre el descubrimiento en ese lugar de importantes ruinas arqueológicas.² Una semana después, el señor Sabas García, del poblado de Chalchihuites, envió una carta a Leopoldo Batres, inspector general de Monumentos Arqueológicos, denunciando a un individuo proveniente de la Ciudad de México, que se encontraba realizando excavaciones en unas ruinas cercanas a dicha población, donde ya había destruido parte de las paredes y pisos de los cuartos. Es por ello que le solicitaba a dicho inspector detener estas exploraciones para que no se siguieran destruyendo tan importantes vestigios.

El 25 de octubre de 1908, el periódico El Imparcial de la Ciudad de México hace público el descubrimiento de las ruinas de Chalchihuites (Alta Vista) en Zacatecas. Ese mismo día, en el campamento cercano a la Pirámide del Sol de Teotihuacan, Leopoldo Batres leyó dicha noticia y, de manera inmediata, envió desde ahí un oficio dirigido al secretario Justo Sierra, al cual adjuntó el recorte de la nota referida.³

En él explicaba que remitió un telegrama al gobernador de Zacatecas, Francisco de Paula Zárate, donde le pedía –en calidad de urgente– que ordenara la suspensión de las excavaciones de Gamio y que se resguardaran todos los objetos encontrados en ellas.⁴ Batres le solicita a Sierra que apruebe su decisión, ya que los trabajos realizados por el arqueólogo no contaban con la autorización de la Secretaría de Instrucción Pública y en ellas no había intervenido la Oficina de Inspección y Conservación de Monumentos Arqueológicos a su cargo. El mismo 25 de octubre, Batres también escribió a Genaro García indicándole que recibió cartas de pobladores de Chalchihuites y de Sombrerete, quienes le informaron sobre las destrucciones que se habían hecho en Alta Vista debido a las exploraciones que Gamio realizaba ahí, las cuales no recibieron la autorización por parte de la oficina que él encabezaba.⁵

El 27 de octubre de 1908, el licenciado Sierra –en acuerdo muy urgente– pide que se notifique a Genaro García, con base en las Normas e Instrucciones vigentes, que no se pueden realizar exploraciones arqueológicas sin la intervención del inspector general de Monumentos Arqueológicos, y solicita la suspensión inmediata de los trabajos de Gamio en las ruinas de Chalchihuites.⁶ Con esa misma fecha, Sierra también informó a Batres que ya había recomendado a García cancelar la expedición.⁷ Al recibir la noticia, García procedió de inmediato: en los días posteriores comunicó por escrito a Sierra sobre la detención de las actividades de Gamio el día 28 de octubre.⁸ En esta misma fecha el gobernador de Zacatecas le responde a Batres que, siguiendo sus instrucciones, ordenó que esas excavaciones fueran canceladas.⁹

Al saber esta decisión, el licenciado Ezequiel Chávez, subsecretario de Instrucción Pública y Bellas Artes, envió una misiva a Leopoldo Batres, donde le avisó sobre la suspensión de las excavaciones en Alta Vista.¹⁰ Finalmente, el 17 de noviembre, el director del Museo Nacional comunica a Justo Sierra el regreso de Gamio; de la misma manera, informa que por orden del gobierno del estado de Zacatecas, las ruinas descubiertas en Chalchihuites quedaban bajo la custodia del señor Porfirio Serrato (propietario del terreno) hasta que el Gobierno Federal tomara posesión de ellas y de los otros monumentos arqueológicos existentes en la región, y también hace de su conocimiento que Gamio se encuentra redactando un detallado informe acerca de los trabajos de esa exploración.¹¹ El 28 de noviembre, Sierra le confirmó al director del Museo que había recibido su mensaje.¹²

En el periódico El Imparcial se publicaron, en las ediciones de los días 8, 9 y 22 de noviembre de 1908, noticias e imágenes tomadas por los fotógrafos de la región José Pérez Chávez y Jesús Pérez Saucedo sobre las inspecciones que hizo Gamio en las cavernas y los monumentos arqueológicos ya mencionados dentro de Chalchihuites, así como de sus exploraciones y hallazgos arqueológicos realizados en las ruinas del rancho de Alta Vista.

En estas ediciones nunca se mencionó el problema de la suspensión de las exploraciones arqueológicas. No obstante, en noticia del 22 de noviembre de ese diario, García y Gamio señalaron que con la información recuperada hasta ese momento no se podía ofrecer un juicio sólido sobre la cultura que edificó esas construcciones, ya que los trabajos de exploración apenas habían iniciado y que cuando se continuaran por la Inspección de Monumentos Arqueológicos, a cuyo cargo quedarían estas ruinas, sus próximos descubrimientos quizás arrojaran nuevos objetos que permitirían proponer alguna hipótesis sobre las características culturales de sus constructores.

Con fecha de 28 de diciembre de 1908, Porfirio Serrato escribió a Batres que desde el día 9 de noviembre tenía bajo su cargo los monumentos arqueológicos de Alta Vista y que en la visita realizada por el subteniente Tomás Ontiveros, éste le ordenó cubrir la escalera principal, trabajo que cumplió al extender una capa de tierra suelta con el propósito de conservar los enjarres.¹³

Unos meses después, el 28 de julio de 1909, Batres le escribió al secretario de Instrucción Pública y Bellas Artes sobre los deslaves producidos por las lluvias que expusieron unas importantes escaleras en las ruinas de Alta Vista y sobre la gran probabilidad de que aparecieran nuevos descubrimientos durante la temporada de precipitaciones. El 6 de agosto, Justo Sierra respondió a Batres de enterado. Asimismo, el 30 de septiembre, Porfirio Serrato avisó a este último que los monumentos arqueológicos de Chalchihuites que estaban bajo su custodia no sufrieron deterioro alguno.¹⁴

El 29 de junio de 1909, Genaro García le envió un oficio a Batres en el que transcribió la petición que le hizo Manuel Gamio respecto a que para la terminación de su informe relativo a los monumentos de Chalchihuites requería el dictamen sobre los cráneos y huesos humanos encontrados en esas ruinas, que creía conveniente que lo hiciera el doctor Carlos Barajas, quien por diferentes motivos no podía asistir al museo, por lo que se solicitaba que estos materiales fueran trasladados a su consultorio para ser estudiados. Al no estar facultada la dirección del museo para otorgar el permiso para sacar estos materiales óseos, solicitó al secretario de Instrucción Pública y Bellas Artes que dispusiera sobre dicho asunto.¹⁵ El 7 de julio, este último comunicó a García que aquellas piezas osteológicas no podían salir del establecimiento.¹⁶ Finalmente, por conducto del director del Museo Nacional, los días 27 de septiembre y 29 de octubre de 1909 Gamio entregó a Leopoldo Batres una lista junto con los artefactos arqueológicos procedentes de Alta Vista, Zacatecas.¹⁷

Días después, el 5 de noviembre, Gamio partió desde el puerto de Veracruz a la Universidad de Columbia para continuar con sus estudios de posgrado. En abril de 1911 presentó como tesis de maestría en humanidades Archaeological Research in Chalchihuites State of Zacatecas, Northern Mexico (Gamio, 1911).