La historia del fce en Colombia inició en 1940 con la distribución de libros del sello en Medellín. En 1975 se inauguró la agencia del Fondo en Bogotá e inició con la reimpresión de libros de la casa matriz de México. En 1984 se consolidó como filial, hoy subsidiaria, por la iniciativa de Fernando Charry Lara, Jorge Farías Negrete y Silvia Charry Delgado, y se instaló su sede en el barrio El Lago, en Bogotá.

El 30 de enero de 2008, se inauguró el Centro Cultural Gabriel García Márquez, actual sede del fce en Colombia con una extensión de 9.500 m², en el mismo lugar donde funcionó un siglo atrás el tradicional Colegio de la Enseñanza. La construcción diseñada por el arquitecto colombiano Rogelio Salmona, fue declarada en 2017 como Bien de Interés Cultural del Ámbito Distrital.

El fce en Colombia tiene una red de cinco librerías, la México inaugurada en 2008, ubicada en el Centro Cultural Gabriel García Márquez; la Fernando del Paso, en 2018 se abrió en alianza con la Biblioteca Pública Piloto, en Medellín y su programación cultural se vincula con las iniciativas de la ciudad y la región; la María Mercedes Carranza es la tercera del país, comenzó en 2022 en el norte de Bogotá; y en noviembre del mismo año, en alianza con la Universidad de Cartagena, se abrió la librería Remedios la Bella, situada en el Claustro la Merced; en noviembre de 2023, en alianza con la Alcaldía de Arauquita, nació la Carmentea, cantar del Llano, ubicada en el municipio de Arauquita en Arauca, en la frontera con Venezuela. Las cinco del Fondo en Colombia se han afianzado cada vez más en sus territorios, han creado sus propios públicos, visitantes y lectores.

En la subsidiaria de Colombia se ha fortalecido el ritmo del proyecto editorial, reeditando obras indispensables del catálogo e incorporando al sello autores colombianos contemporáneos. Como grupo editorial, encontramos una vitalidad que se representa en la circulación de las obras del sello fce a lo largo de la región, así como en la presencia de nuestros autores en la mayoría de las librerías del Fondo, en México y los demás países. Además, la participación en ferias del libro internacionales, nacionales y locales no sólo ha significado un trabajo permanente de difusión de nuestros títulos y de promoción de la lectura, sino el contacto directo con cientos de lectores.

La presencia del Fondo en Colombia tiene que ver también con el trabajo coordinado que se ha logrado con la casa matriz en México y las demás subsidiarias de éste: Estados Unidos, Guatemala, Ecuador, Perú, Chile, Argentina y España. En Colombia, los libros del Fondo y el espíritu de su catálogo se han abierto paso en el territorio y en los entornos lectores donde la discusión, la argumentación y el conocimiento han formado parte esencial de generaciones.