De sus expedientes surgieron las bases sobre las que el agpn contribuyó a orientar el proceso de construcción de nuestra nación durante casi un siglo y a atender las necesidades de la ciudadanía, aun durante el paréntesis imperial de Maximiliano cuando —siguiendo los mismos objetivos del archivo republicano— se creó el Archivo General del Imperio. En medio de la lucha armada iniciada en 1910, mudó de nombre a Archivo General de la Nación (1917) y aportó al proceso revolucionario hasta que se le restaron prerrogativas sobre las instituciones públicas, por lo cual no pudo contribuir a la construcción de las décadas siguientes como lo hiciera en el pasado. Esta breve pausa duró poco más de medio siglo a partir de 1920, pero desde finales de la década de 1970 el Archivo ha resurgido para ocupar el lugar que le corresponde en la vida pública.

El patrimonio documental ha pasado de la organización en ramos que se heredó del Archivo General del Virreinato a su composición a partir de fondos, subfondos, secciones, subsecciones y series, de acuerdo con la estructura y el nivel de complejidad de las instituciones y de otros acervos que lo conforman. Los fondos también se han enriquecido con la integración de archivos particulares, familiares, colecciones específicas y con aquellas formadas por la propia dependencia. Conforme los archivos de trámite de las oficinas gubernamentales se han convertido en históricos, las transferencias han engrosado el acervo, con una especial intensidad en el periodo de renacimiento del agn entre 1976 y 1982: en esta etapa se incorporaron al menos una decena de archivos institucionales y 87 fondos documentales de particulares.

Por siglo y medio (1823-1973) el Archivo se ubicó en Palacio Nacional, en las antiguas oficinas de la Secretaría del Virreinato, y, aunque se realizaron ajustes al espacio y pequeñas extensiones, fue insuficiente para resguardar de manera óptima sus acervos. Durante una parte del siglo xix algunos de esos materiales se movieron al Convento de Santo Domingo (1823-1845) y en la década de 1920 una porción se trasladó a la capilla de Guadalupe en Tacubaya, junto a la Casa Amarilla. Los esfuerzos de los directores fueron infructuosos hasta que finalmente el Archivo se concentró en el extinto Palacio de Comunicaciones, en Tacuba 8, desde donde retomó el impulso protagónico de la institución.

Durante buena parte del siglo xx, y a pesar de la estabilidad posrevolucionaria, las amenazas no se eliminaron por completo para el acervo del Archivo General de la Nación: es conocido el incidente en la planta baja de Palacio Nacional con la inundación del fondo Correspondencia de Virreyes y también los daños que ocasionaron la humedad, el polvo, el hacinamiento y las palomas al acervo en la Casa Amarilla por medio siglo. No obstante las dificultades mencionadas, directores, trabajadores y ciudadanos comprometidos unieron esfuerzos por resguardar la documentación, reglamentar su funcionamiento y obtener un local acondicionado sobre todo para la institución, lo cual se logró finalmente con el traslado del Archivo General de la Nación al reacondicionado edificio de la extinta Cárcel Preventiva del Distrito Federal (1977-1982).

Con este cambio, el agn logró reunir por primera vez los fondos en un solo sitio y realizó una titánica labor de organización, descripción y catalogación, y publicó guías de fondos y generales, como la que sirvió para acomodar el acervo en Lecumberri. La institución creó lineamientos generales, mismos que socializó por medio de folletos e impresos diversos, así como capacitación archivística mediante cursos y seminarios. Acompañó la profesionalización de la archivística, así como la formación de archivos y sistemas estatales y municipales, particulares y eclesiales. Finalmente, fue la etapa de florecimiento de la conservación y la divulgación del patrimonio documental por medio de publicaciones, exposiciones y visitas guiadas.

Esto ha permitido cumplir con las funciones sustantivas pues triplicó la capacidad de resguardo hasta un potencial de 150 kilómetros lineales y se establecieron las condiciones técnicas con la más alta tecnología para la organización, clasificación, descripción, conservación, preservación digital y reprografía de dicho patrimonio. Fiel a su historia de tenacidad, con estos logros materiales el agn asegura el legado del patrimonio documental a las siguientes generaciones de mexicanas y mexicanos.