Kissinger tiene una cara negativa en América Latina. Es considerado el autor de la llamada Operación Cóndor que afectó a Uruguay (junio de 1973), Chile (septiembre de 1973) y Argentina (marzo de 1976), y que sustituyó a gobiernos democráticos por dictaduras militares que contradicen el principio norteamericano de “defensor de la libertad”, aunque, como es sabido, en Latinoamérica se impuso una diplomacia de fuerza, misma que a inicios del siglo xx se llamó política del Gran Garrote o Big Stick. Tanto para el presidente Richard Nixon como para Kissinger, Salvador Allende y su gobierno eran comunistas que ponían en riesgo los intereses económicos de los inversionistas estadunidenses en Chile, y por esta razón decidieron apoyar a los golpistas.

Por su parte, el gobierno chileno de coalición de izquierda-centro —la Unidad Popular (up) que llevó a Allende a la presidencia de la República— desarrolló una agenda progresista para combatir las injusticias sociales. Algunas medidas fueron la expropiación de tierras y la nacionalización del cobre; también impulsó la industria nacional y la construcción de viviendas populares, entre otras medidas, mismas que provocaron el rechazo de la élite económica de aquel país. Finalmente, el golpe de Estado del 11 de septiembre de 1973, parte de la Operación Cóndor planificada por Kissinger, impuso un régimen de fuerza y terror en Chile.