La Escuela se fundó dentro del Hospital San Lucas, donde por primera vez los médicos militares mexicanos tuvieron oficialmente un plan de estudios. Podían ingresar los alumnos de cuarto año de la Facultad de Medicina para cursar materias relacionadas con el ejército como medicina legal militar, cirugía de guerra e higiene entre otras capacitaciones. Esta escuela fue suprimida con la firma de los tratados de Teoloyucan en 1914.

Al término de la Revolución, Venustiano Carranza inauguró la escuela simbólicamente en el Hospital Militar de Instrucción el 12 de octubre de 1916 y es hasta el 1ro. de enero de 1917 que decretó la apertura de la escuela con el nombre de Escuela Constitucionalista Médico Militar bajo la dirección del coronel Guadalupe Gracia García. Es importante destacar que varios años antes el coronel fue uno de los dos médicos que concibieron y pusieron en marcha el primer convoy sanitario, de hecho, es considerada una aportación de México para el mundo. La escuela tenía como finalidad que los estudiantes que se preparaban para ser médicos tuvieran sus prácticas profesionales dentro del hospital.

Desde el fallecimiento de Carranza se denominó Escuela Médico Militar, actualmente la conocemos como Escuela Militar de Medicina. A partir de su inauguración la han albergado aproximadamente cinco edificios en distintos puntos de la Ciudad de México. Hoy en día se encuentra ubicada junto al moderno Hospital Central Militar, el principal hospital de enseñanza de la escuela. Es una destacada fuente de médicos militares para las fuerzas armadas mexicanas, en ella es prioritario el desarrollo simultáneo del médico y el militar. Es pionera en su tipo a nivel mundial y ha sido considerada como ejemplo para otros países.