Durante esta última participó en la Batalla del 5 de mayo y de las Cumbres de Acultzingo en 1862; gracias a su desempeño, fue nombrado por el presidente Juárez como Jefe del Ejército Republicano del Norte y para 1866 ya había logrado expulsar a los franceses de los estados del noroeste del país. Más tarde, cuando los galos, ya sin apoyo de Napoleón III, se replegaron a Querétaro, Escobedo sitió la ciudad como Comandante Supremo de los Ejércitos Republicanos desde los primeros días de marzo de 1867 hasta el 15 de mayo, día en el que entran en la capital queretana, por lo cual Maximiliano junto con Miramón, Mejía y el resto de sus tropas se repliegan en el Cerro de las Campanas, en donde tras días de ataques por parte del Ejército Republicano el emperador depuso sus armas.